临床诊断
典型症状：典型的生殖器疱疹有丘疹性皮损，可发展为水疱和溃疡，伴有局部淋巴结肿大，复发性病例发作前可能有前驱症状。
注意误诊：许多患者临床表现差异大，多数有非典型病变，易被误诊为其他生殖器疾病，应避免单独依靠临床进行诊断。
鉴别诊断：需与感染性、肿瘤性、炎症性、大疱性、血管性和创伤性等多种因素导致的生殖器溃疡相鉴别。
实验室检查
病毒检测：推荐对所有疑似患者进行实验室检查，从生殖器标本病变基底取样，HSV DNA 检测是诊断金标准，比细胞培养敏感性和特异性更高，细胞培养偶尔用于确定抗病毒敏感性，不常规推荐直接免疫荧光测定等其他病毒抗原检测方法。
特异性血清学检测：无症状患者通常不推荐血清学检测，但对有复发性或非典型性生殖器疾病史、首次发作的生殖器疱疹患者、生殖器疱疹患者的性伴侣、有生殖器疱疹伴侣史的无症状孕妇可能有用，临床上应使用检测针对独特糖蛋白 gG1 和 gG2 抗体的 HSV 血清学检测。
其他检测：不明确提示 HSV 感染的病例，应行水痘 - 带状疱疹病毒（VZV）PCR 检测以排除诊断，还可能需检测梅毒、沙眼衣原体等其他性传播感染。
治疗
初次发作
抗病毒治疗：在症状开始后的 5 天内，或仍有新病变时，给予口服抗病毒药物，阿昔洛韦、伐昔洛韦和泛昔洛韦均有效，可减轻发作严重程度和缩短持续时间，不推荐外用抗病毒药物，静脉治疗仅用于无法吞咽或耐受口服药物的患者，推荐抗病毒疗程为 5-10 天。
支持性措施：包括生理盐水浴和按需镇痛，可外用局麻药，但避免使用苯佐卡因，有严重并发症可能需住院治疗。
复发性生殖器疱疹
症状性抗病毒治疗：口服阿昔洛韦、伐昔洛韦和泛昔洛韦可减少持续时间和严重程度，建议在症状出现后 24 小时内开始治疗，有短疗程治疗和为期 5 天的长疗程（备选）2 种方案。
抑制性抗病毒治疗：可显著降低复发频率，适用于所有严重程度患者，启用需平衡疾病复发频率等多维度因素，阿昔洛韦是研究广泛的抑制性治疗药物，长期使用无累积毒性或器官损伤，对于每年复发少于 10 次的患者，伐昔洛韦 500mg qd 可能足够，超过 10 次的患者，可能需要伐昔洛韦 250mg bid，或者 1g qd。
特殊情况
HIV 感染：对于 CD4 计数正常且病毒载量不可检测的 HIV 感染者，可使用与 HIV 阴性个体相同的治疗方案，其他情况有相应不同的治疗方案。
妊娠期女性和新生儿群体：有关于孕期不同阶段感染生殖器疱疹的处理建议，例如分娩时若有活动性疱疹病变，通常建议剖宫产等。