2019 年美国胸科学会（ATS）发布的《肺部和重症监护真菌感染的微生物实验室检测：美国胸科学会临床实践指南》，对微生物实验室检测在诊断肺部真菌感染以及重症监护室内的应用给出了相关建议。具体如下：
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对于严重免疫抑制的患者，如中性粒细胞缺乏或血液系统恶性肿瘤，或接受造血干细胞或实体器官移植的患者，建议使用血清半乳甘露聚糖（GM）检测。（强烈建议，高质量证据）
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怀疑侵袭性真菌疾病的患者，包括血清 GM（-）但是危险因素强烈提示侵袭性曲霉菌病，或 GM（+）但可能是假阳性（例如，接受化疗，或有粘膜炎风险的患者，因为其他真菌或细菌的交叉反应抗原可以穿透肠粘膜，导致试验阳性），建议对支气管肺泡灌洗（BAL）进行 GM 检测。（强烈推荐，高质量证据）
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在严重免疫抑制患者中，如血液系统恶性肿瘤、造血干细胞或实体器官移植者，假如怀疑有侵袭性肺曲霉菌病（IPA），建议使用血液或血清曲霉菌 PCR 检测。（强推荐，高质量证据）
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对于有严重免疫抑制的患者，如血液恶性肿瘤、或怀疑有 IPA 的造血干细胞或实体器官移植者，建议对 BAL 进行曲霉菌 PCR 检测，作为评估的一部分。（强烈建议，高质量的证据）
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临床考虑侵袭性念珠菌病（IC）的危重患者，建议不单纯依赖于血清 (1,3)-β-D - 葡聚糖（BDG）检测结果用于诊断决策。（有条件推荐，低质量证据）
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当及时诊断和治疗对患者的结局至关重要的时候，建议在尿或血清中检测组织胞浆抗原，快速诊断疑似播散性和急性肺组织胞浆菌病。（强推荐，高质量证据）
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建议在疑似肺组织胞浆菌病的免疫正常的患者中，使用组织胞浆菌血清学检测。在血清学检测中，附加检测组织胞浆抗原，可以提高诊断率。（有条件推荐，中等质量的证据）
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患者存在环境暴露，感染或患有芽生菌肺炎，建议使用一个以上的诊断检验，包括直接镜检和痰、BAL 或其他活检组织培养，尿抗原测试，和血清抗体试验。（有条件推荐、中等质量的证据）
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疑似芽生菌病，建议特异性针对抗 BAD-1（抗芽生菌素粘附素 1）抗原的血清抗体检测与临床和流行病学数据一起使用，以建立诊断。（有条件推荐，低质量的证据）
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对于疑似芽生菌病的患者，特别是免疫功能低下的患者，建议将尿中芽生菌抗原检测与临床和流行病学数据一起用于确定诊断。（有条件推荐，中等质量证据）
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患者存在环境暴露，感染或患有球孢子菌肺炎，建议使用一个以上的诊断检验，包括直接镜检和痰、BAL 或其他活检组织培养，尿和血清抗原测试，血清学方法（血清抗体检测）等。（有条件推荐、中等质量的证据）
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在疑似球孢子菌病的患者中，特别是在免疫功能低下的患者中，建议进行尿和血清抗原检测，以帮助建立诊断。（有条件的推荐，中等质量证据）
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来自球孢子菌病流行地区的患者，疑似社区获得性肺炎，建议进行初步血清学检测，并进行密切的临床随访和动态检测。（有条件推荐，中等质量证据）