《宏基因组学测序技术在中重症感染中的临床应用专家共识（第一版）》由中华危重病急救医学杂志于 2020 年发布。该共识对宏基因组学测序技术在中重症感染中的应用进行了规范，以下是一些主要内容：
宏基因组下一代测序（mNGS）技术不依赖于传统的微生物培养，直接对临床样本中的核酸进行高通量测序，然后与数据库进行比对分析，根据比对到的序列信息来判断样本包含的病原微生物种类，能够快速、客观地检测临床样本中的较多病原微生物，且无需特异性扩增，尤其适用于急危重症和疑难感染的诊断。
必须按照《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》的相关规定开展临床 mNGS。检测实验室应符合《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》的相关规定。实验室空气洁净度需要建立标准对照和监测系统，实验室存在的背景微生物需要进行定期的汇总更新。测序设备需要采用获得国家医疗器械注册许可的测序平台。
mNGS 过程主要包括样本处理、核酸提取、文库构建、上机测序及数据比对与判读。每批次实验中都应该包括内参和（或）阳性、阴性对照品；内参和（或）阳性对照品被有效检出且检测到的碱基序列片段数量应满足实验预期的检测敏感度阈值；对于不同类型的样本，建议有基本的序列数据量，如脑脊液为 20 万条、支气管肺泡灌洗液为 40 万条、血浆为 50 万条、痰液为 80 万条、胸腹水为 1 亿条；测序序列读长不少于 50bp；mNGS 结果报告应涵盖该批次实验中的内参、阴性和阳性对照品结果，并记录相关质控标准。
满足质控标准的合格的下机数据进入分析解读流程后，应遵循以下原则：剔除试剂、环境中引入的假阳性病原体信息；剔除比对流程中交叉引入的假阳性病原体信息；报告病原体信息原则上准确到种，同时也应包含相应的属信息；建议将临床高度关注和健康者样本中极少出现的病原体信息优先呈现，同时将某些部位的常见、低（或无）致病性病原体独立呈现。
用于生物信息分析的数据库构建包括人源数据库和病原体数据库。人源数据库收集需尽可能完整，不仅包含染色体基因组，还要包括线粒体等基因组、转录组及非编码序列信息。病原体数据库收录的信息应该覆盖主要的病原体，且确保每条收录的序列数据准确完整。