《宏基因组学测序技术在成人医院获得性肺炎中的临床应用专家共识》由中国医学救援协会重症医学分会组织制定，旨在规范宏基因组二代测序技术（mNGS）在成人医院获得性肺炎（HAP）诊疗中的应用。以下是该共识的一些主要内容：
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HAP 概述：HAP 是指至少在入院 48 小时后发生的肺炎，患者住院期间未接受有创机械通气、未处于病原感染的潜伏期。HAP 是常见的医院获得性感染疾病，抗菌药物的不合理使用增加了 HAP 诊断和治疗的难度，因此，快速诊断病原体及其耐药情况，及时恰当使用抗感染药物对于 HAP 患者的诊疗和康复至关重要。
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mNGS 的优势：mNGS 通过直接提取临床样本中的核酸进行文库构建和高通量测序，利用生物信息学算法分析样本中包含的病原微生物序列的种类及耐药基因和毒力基因，能够快速并且准确地检测各种临床样本中的病原微生物，显著提高病原检测的敏感性，大大缩短检测时间。同时，mNGS 检测范围广泛，能同时检测细菌、真菌、病毒、寄生虫等，在罕见和新发病原体的诊断及溯源上具有显著优势。
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mNGS 检测流程：
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样本采集：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，最好采集支气管肺泡灌洗液或者气道抽吸物。样本采集最理想的时间是在第一次抗感染治疗用药前或下次抗感染治疗用药 / 更换其他抗感染治疗用药前。呼吸道感染病灶推荐优先级为支气管肺泡灌洗液 > 气道抽吸物 > 诱导痰 > 深部痰 / 肺组织。采集体积最少 3ml，无菌管保存，冷藏或者干冰保存，72h 内送达实验进行 mNGS 检测。
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样本预处理：出于生物安全考虑，在核酸提取前应对样本进行 56℃下 30min 的灭活。为提高胞内菌、真菌等的检出率，提取前应对样本进行破壁处理。多数临床标本由于存在大量的宿主细胞或宿主的游离核酸，病原微生物在提取出的核酸样本中的丰度通常极低，为了提高 mNGS 的检测灵敏度，可以结合临床检测需求，进行人源核酸的去除。
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检测项目选择：在流感病毒、冠状病毒等 RNA 病毒流行期间，建议 HAP 患者开展宏基因组检测时，首选 DNA 和 RNA 检测项目。
此外，该共识还指出，mNGS 检测报告应包括标准化后的微生物特异性读长数 / 序列数、标准化中英文名称、相对丰度、阈值、基因组覆盖度图等内容，临床医生应结合患者的临床表现、影像学特征、传统微生物学检测结果等综合分析 mNGS 检测结果，以提高 HAP 的诊断和治疗水平