诊断
中医诊断：主要依据中医古籍及行业标准，如参照中华人民共和国中医药行业标准《中医病证诊断疗效标准》。除了根据肛漏的临床症状外，还需进行中医辨证，常见证型有湿热下注证、正虚邪恋证、阴液亏虚证。
西医诊断：参照 2016 年中华医学会外科分会结直肠肛门外科学组等联合制定的 “肛瘘诊断标准”。通过症状判断，如反复发作的肛周肿痛、流脓，急性炎症期可发热等。同时结合局部检查，视诊可见外口形态、位置和分泌物，浅部肛瘘肛门周围可触及索状物及其行径，直肠指诊可触及内口、凹陷及结节。还可借助直肠腔内超声、MRI 等检查辅助诊断。
治疗
西医手术治疗
肛瘘切开（除）术：适用于低位肛瘘，将瘘管全部切开，并将切口两侧边缘的瘢痕组织充分切除，使引流通畅，切口逐渐愈合。
中医传统肛瘘挂线术：利用橡皮筋或药线的机械作用和药物腐蚀作用，使结扎处组织逐渐压迫坏死，同时作为瘘管引流物，防止急性感染，适用于距离肛门 3-5cm 以内，有内外口的低位或高位单纯性直瘘，或作为复杂性肛瘘切开或切除的辅助方法。
其他手术：如肛瘘隧道术、肛瘘切开旷置术、直肠推进瓣修补术、括约肌间瘘管结扎术（LIFT）、瘘管激光闭合术（FILAC）、视频辅助肛瘘治疗术（VAAFT）、经肛括约肌间切开术（TROPIS）等。
中医辅助治疗
中药内服：湿热下注证，治以清热利湿，方用萆薢渗湿汤加减；正虚邪恋证，治以扶正祛邪，方用托里消毒饮加减；阴液亏虚证，治以养阴托毒，方用青蒿鳖甲汤加减。
中药熏洗：选用金玄痔科熏洗散、复方荆芥熏洗剂、复方黄柏液涂剂等中成药，或自拟含有黄柏、苦参、芒硝、蒲公英等药物的方剂。熏药温度一般控制在 60℃-70℃，坐浴温度为 40℃左右，每日两次，熏蒸 5min，坐浴 5-10min。
中药外敷：肛瘘急性期局部肿痛者，可选用金黄膏、黄柏膏等外敷。已形成溃口者，可予药线引流以提脓拔毒。肛瘘术后可选用肛泰软膏、龙珠软膏等，促进伤口愈合，减少创口分泌物。
塞药法：肛瘘术后肛塞肛泰栓、麝香痔疮栓等辅助治疗可提高治愈率，缩短患者疼痛时间、创面愈合时间。
针灸疗法：疼痛时针刺承山、大横、长强、八髎等穴位；术后尿潴留可艾灸气海、关元、中极等穴位，或针刺关元、水道、阴陵泉、三阴交等穴位。
术后处理与并发症防治
创面管理：缝合创面应消毒换药，开放式创面可熏洗坐浴，检查清洗创面去除异物及坏死组织，更换引流材料，保持引流通畅，促进肉芽组织正常生长。
尿潴留防治：下腹部放置热水袋热敷，或采用听流水声、针刺、艾灸、推拿按摩等方法，无效者可行留置导尿。
疼痛处理：应用清热解毒、活血化瘀、消肿镇痛类中药熏洗坐浴，也可针刺镇痛，根据疼痛程度口服或注射镇痛类药物。
肛门失禁应对：不完全性失禁患者勤做提肛运动，予益气升提的中药汤剂，也可针刺穴位或采用生物反馈治疗仪、磁治疗仪治疗；完全性失禁则需要手术治疗。
生活调摄
饮食：宜多食新鲜的蔬菜水果，补充膳食纤维，保持大便通畅，忌食辛辣刺激之品及发物，注意饮食卫生，少食生冷或不洁食物，防止腹泻。术后体质虚弱、创面愈合较缓慢者，应加强营养，增加高蛋白食物。
运动：适当增加体育锻炼，增强体质，提高免疫力。
心理：保持良好的心态，避免过度紧张焦虑情绪影响身体康复。