预防措施
预防性牙科诊疗：对于所有并存牙科疾病的患者，预防性牙科诊疗，包括必要时的拔牙，可显著预防包括口腔黏膜炎在内的口腔并发症。
冷疗：对于接受氟尿嘧啶推注给药化疗，或者是造血干细胞移植前化疗的患者，冷疗（不间断含服碎冰块 30 分钟）已被证实可明显降低此类患者的口腔黏膜炎风险，但冷疗对于接受其他药物的患者的疗效尚未经过严谨评估。
治疗手段
口腔护理：对于所有口腔黏膜炎患者，应每 4 小时进行一次口腔护理，包括摘除义齿、用患者尽可能耐受的方式（如软毛牙刷或泡沫拭子）清洁口腔，以及使用温和的漱口水含漱口腔。推荐的温和漱口水配方为 1L 水中加入半勺到一勺盐和 1 勺碳酸氢钠。
疼痛缓解
利多卡因凝胶：可有效缓解口腔黏膜炎相关疼痛，且不良反应极少，使用时将凝胶涂在口腔黏膜疼痛处即可，但效果持续时间短，可能需要频繁重复给药。
口服阿片类药物或自控镇痛泵：疼痛极其严重、局部治疗无效的患者或可考虑使用，但疗程应尽量短，以限制不良反应的发生。
黏膜保护剂：部分药店有售的口腔黏膜保护剂可能对轻中度口腔黏膜炎患者有所益处，相比利多卡因，该类制剂镇痛效果较弱，但持续时间长（可达 3 小时以上）。
针对分子靶向药物所致口腔黏膜炎：一旦出现溃疡，大面积 / 深处溃疡应使用 0.01% 地塞米松漱口水（可使用地塞米松磷酸钠注射液和纯净水配制）、小面积浅表溃疡可使用 0.05% 氯倍他索软膏，一日 3-4 次。如溃疡在局部治疗下不消退，应考虑转诊至口腔科。