2013 年 10 月，日本肝病学会（JSH）公布了《JSH 循证临床实践指南：肝细胞癌 - 更新版（JSH-HCC 指南第 3 版）》。该指南是在 2009 年发布的第 2 版基础上，严格遵照循证医学方法进行修订的。以下是该指南的一些主要内容：
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监测和诊断流程：超声检查是肝细胞癌首选的筛查手段，CT 或磁共振成像（MRI）动态对比增强作为确诊的最终检查手段。动态增强 CT 扫描时动脉期明显强化之后伴随静脉延迟期快速洗脱是 “典型的 HCC 影像学表现”，这一定义同样适用于第 3 版指南。
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分期：JSH 指南采用 JSH 分期，该分期由 Okuda（奥田邦雄）于 1985 年提出，是最早将肝功能储备以及肿瘤侵犯纳入考虑的分级系统，主要包括肝脏被肿瘤取代比率、腹水、白蛋白以及胆红素四类预后因素，将肝癌分为 stageⅠ、stageⅡ、stageⅢ，共三期。
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治疗推荐：对于早期肝细胞癌，推荐的治疗方法包括手术切除、肝移植和射频消融等；对于中期肝细胞癌，推荐经动脉化疗栓塞（TACE）作为主要治疗手段；对于晚期肝细胞癌，推荐索拉非尼等分子靶向药物治疗。