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自身免疫性疾病如原发性硬化性胆管炎（PSC）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和自身免疫性肝炎（AIH）约占肝移植适应证的 8%。复发性疾病的诊断基于临床、生物学和组织学标准的结合，具有挑战性。
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复发性 PBC（rPBC）的诊断金标准是组织学指标，包括上皮样肉芽肿导致的胆管破坏、淋巴细胞胆管炎、导管增生、淋巴细胞聚集和胆管缺陷，碱性磷酸酶和抗线粒体抗体水平升高不是可靠诊断指标。
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复发性 PSC（rPSC）在轻度胆汁淤积时，若胆管造影成像和肝活检结果与 PSC 相似可作出诊断。
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AIH 复发（rAIH）与肝移植前免疫球蛋白 G 水平、高转氨酶水平、严重炎症活动等因素相关，移植后自身抗体如抗核抗体等可预测 rAIH，但不具有特异性。
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代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）是欧美常见肝脏疾病，在美国是继酒精性脂肪性肝病（ASH）后的第二大肝移植适应证，在欧洲占肝移植适应证的 8.4%。肝活检是评估肝移植后复发 MASH（rMASH）的最可靠方法。
目前对于使用特异性生物标志物检测肝移植后原发性肝病复发不能给出强有力的建议，因为相关研究数量少，多为回顾性观察，患者数量少，纳入标准和结果不一致，需进行大规模前瞻性研究以确定生物标志物在预测和诊断方面的作用。
HCC 是肝移植的常见适应证之一。现有的扩大 HCC 纳入标准的模型基于形态学特征、简单生物标志物（如甲胎蛋白）等，但缺乏反映 HCC 生物学复杂性的分子因素，只能部分预测复发风险。
研究初步表明液体活检中测量的生物标志物在预测 HCC 复发中有作用，但证据质量低，在将其应用于临床实践之前，还需要更多研究，以确定其在甄选患者和复发监测中的潜在作用。
长期 IS 治疗与严重并发症相关，建立长期移植物耐受性而无需持续 IS 是移植的主要目标。目前有研究描述了来自外周血和同种异体移植物的各种分子、细胞和组织学标志物，可能有助于预测肝移植后患者能否成功脱离 IS 或在 IS 减少后存在急性排斥反应风险，但还需要更多研究来明确这些标志物的临床应用价值。
使用钙调神经磷酸酶抑制剂（CNI）会增加肝移植受者 CKD 的发生率。目前对于生物标志物在预测肝移植受者 CKD 发生和进展中的作用研究较少，证据质量低，还需要进一步研究来确定相关生物标志物，以更好地监测和预防 CKD 的发生和发展。
总之，该共识强调了生物标志物在肝移植领域的重要性，但目前关于生物标志物在预测肝移植后疾病复发、指导免疫抑制调整以及监测慢性肾脏疾病等方面的证据质量普遍较低，需要开展更多大规模、高质量的前瞻性研究，以进一步明确生物标志物的临床应用价值，为肝移植患者的管理提供更有力的支持。