基于核酸检测技术的推荐意见
实时荧光 PCR 技术：包括单靶标或多靶标呼吸道病原体核酸检测，可作为核酸即时检测法的参考方法，主要适用于门急诊、住院患者和大规模人群筛查。
等温扩增技术：耗时短、扩增效率高，通常以核酸即时检测的形式出现，适用于门急诊、发热门诊呼吸道感染患者病原体核酸快速筛查。
数字 PCR 技术：可直接定量检测呼吸道标本中病原体个数，适用于低浓度样本、低丰度基因或突变基因的检测，可作其他核酸检测方法的检测限标定。
核酸即时检测技术：主要适用于检测场地有限或需要快速筛查的发热门诊、急诊、ICU 等呼吸道感染患者的特定病原体检测。
病原体高通量测序技术：在传统微生物检验未能明确病原或急需快速鉴别是否感染及其病原体时，有选择地使用，主要适用于呼吸道重症感染、疑似特殊病原体感染、聚集性呼吸道传播性感染患者。
基于应用场景的推荐意见
急性上呼吸道感染高危人群和气管支气管炎患者：建议在流感病毒、新型冠状病毒等流行季节和高风险地区，进行病原体核酸即时检测，以鉴别诊断、缩短患者就诊时间、降低病原体传播风险。
免疫功能正常、存在住院风险的气管支气管炎成人患者：建议采用多靶标病原体核酸检测技术明确病原，以缩短抗生素使用时间和患者住院时间。
社区获得性肺炎患者：建议对重症社区获得性肺炎患者同时进行常规病原学检查和核酸检测，以提高病原体检出率。
医院获得性肺炎和呼吸机相关肺炎患者：病原学诊断应以传统培养方法为主，必要时联合采用多靶标病原体核酸检测，无需常规行 mNGS，仅在患者存在免疫缺陷、3d 内未通过传统微生物检验明确病原体且经验性抗感染治疗无效时，考虑行以DNA测序为主的 mNGS。
慢性阻塞性肺疾病急性加重患者：不建议常规进行流感病毒、新型冠状病毒等呼吸道病毒核酸筛查，仅对有流行病学史、流感样症状或病情严重需要住院治疗的患者进行检测。
肺结核患者：推荐常规进行结核分枝杆菌涂片、培养和核酸检测，mNGS 与结核特异性 PCR 对结核分枝杆菌诊断能力相似。
结核性胸膜炎患者：建议行胸水和胸膜组织的结核分枝杆菌培养和核酸检测。
可疑活动性结核患者：对涂片抗酸染色阴性患者，至少进行一次呼吸道标本的结核分枝杆菌核酸检测；对涂片抗酸染色阳性患者，核酸扩增技术能鉴别结核分枝杆菌和非结核分枝杆菌。
免疫功能受损合并肺部感染患者：推荐同时行血和支气管肺泡灌洗液标本 mNGS，必要时进行组织标本 mNGS。
造血干细胞及实体器官移植后患者：推荐定期采用数字 PCR 方法进行病毒（包括巨细胞病毒和其他呼吸道病毒）的定量、动态检测。