1、HPV检测作为初筛手段可浓缩高风险人群，比通常采用的细胞学检测更有效。
可根据感染的HPV类型预测受检者的发病风险度，决定其筛查间隔。对细胞学和HPV检测均为阴性者，阴性预测值可达99%-100%，表明其发病风险很低，可将筛查间隔延长到3-5年。细胞学阴性而高危型HPV阳性者，发病风险度较高，应定期随访。如间隔一到两年，前后两次HPV检测为同一高危HPV型别，则可以界定为是高危HPV持续感染，其宫颈癌的发病风险会增加250倍，该人群需进行密切随访和诊治。
2、对于未明确诊断意义的不典型鳞状细胞（ASC-US）和鳞状上皮内低度病变（LSIL）的分层管理，HPV检测是一种有效的再分类方法。
女性在进行细胞学检测的时候，90-95%的阳性结果其细胞多为不典型的细胞学形态改变，也就是诊断结果为ASC-US、LSIL,这些细胞学结果通常都属于诊断意义不明确的，无法帮助医生来确定下一步的处理方式。NCCN《子宫颈癌筛查临床实践指南》(源自英文版V1．2009)指出：对发生在成年人的ASC-US和LSIL有3个可供选择的处理方案，可选择HPV-DNA检测将患者分流、6个月复查细胞学或立即阴道镜检查。但是直接阴道镜检查或多点病理活检，会引起创伤和过度诊治（40-60%）,因为ASCUS、LSIL中有一半以上的患者会自我恢复，过度诊治会对病人的身体及心理产生很大影响。而重复的细胞学检查，依然会有25%失访率。采用HPV检测将患者分流，为目前的最优方法，可以提高发现高度病变的敏感度，同时评估妇女患宫颈病变的风险，确定下一次复查时间。HPV检测阴性，可列入常规筛查人群；如HPV检测阳性则应1年复查；如是高危型HPV阳性，则应进行阴道镜检查。
3、HPV分型检测可以用于阴道镜适应症。
波特兰的一项研究表明，≥30岁细胞学阴性的女性中，HPV16或18阳性的女性在10年随访中出现CIN3的比率分别为21%和18%。与此相比，其他高危型HPV阳性的女性中，CIN3的风险性仅1.5%。Plummer et al研究了10058例宫颈癌，8550宫颈鳞癌，发现HPV16、18型感染与宫颈癌的相关具有普遍意义，其中宫颈鳞癌中HPV16占46-63%，HPV18占10-14%；宫颈腺癌和宫颈腺鳞癌中HPV18占37-41%，HPV16占26-36%。
2009年，美国阴道镜和宫颈病理学会（简称ASCCP）发布了HPV 基因分型检测指南，明确指出：≥30妇女，细胞学未见上皮内病变和恶性细胞，HPV16，18阳性建议阴道镜；其他HPV高危型阳性，则在12个月后重复HPV DNA检测和细胞学检查。
2010年，杨英捷、赵健、毕蕙等人的研究数据表明，HPV31、33的致癌风险也很高，建议HPV31、33直接行阴道镜检测。
4、用于手术后的追踪，治疗后的随访，提供给病人和医生丰富的临床信息。
消融或切除治疗CIN失败的比率在1%-25%之间，不同方法的整体失败率为5%-15%，不同方法间无显著差异，且大多数失败均发生在治疗2年后。一项研究指出，在治疗后20年内女性浸润癌的罹患率约10万分之56，高于美国普通人群（5.6每10万人年）。治疗后6个月HPV检测鉴别复发和持续性CIN的敏感性达90%，而且保持这种水平到24个月。与此相比，细胞学的敏感性大约为70%。
在治疗或手术前先进行一次HPV分型检测，术后或治疗后的6个月再行HPV分型检测。如结果为阴性，则证明治疗或手术成功，患者可以在3年后才复诊。如果HPV分型结果是阳性，则需要判别病人现在感染的HPV亚型与术前感染是否相同，如果相同则说明可能手术并没有将病灶完全切除；如果感染不同亚型，则说明病人可能又有新的感染，这就需要继续随访病人，以密切监控病人治疗后是否有复发的情况。
5、通过对HPV基因分型检测，可以将不同HPV型别感染与宫颈病变的关系研究的更深入，同时还可应用到HPV分子流行病学的研究中。
HPV感染基因型和宫颈病变的级别存在一定关系,表明各个型别对宫颈上皮致病力不同。韩国一项研究发现，HPV16亚型在宫颈癌中检出率为62.5% ,随病变级别加重感染率明显增加，说明16亚型的感染和宫颈癌密切相关。另一项研究也发现宫颈病变中16、18、58、33在CIN 1以上的宫颈病变中均有一定优势,提示上述型别易导致高级别病变。低度宫颈鳞状上皮内病变(LSIL)中低危型较多见,但也有较多高危型感染。在高度鳞状上皮内病变(HSIL)及宫颈癌中多数为高危型感染。对未明确高(低)危型别的HPV 亚型,可以根据其在不同病变级别中的出现情况给予定性或重新定性。
迄今为止，我国并没有组织成规模的HPV分子流行病学调查。2008年中国CDC首次在北京某区的HPV分子流行病学调查初步结果显示：全人群的HPV感染率为8.6%，其中高危型HPV感染率为7.0%。分布前3位的亚型：16、58、52。现在越来越多的报道发现，HPV的多重感染与宫颈癌之间，不存在显著性的关系。广东省妇幼保健院的一项研究中表明，对于在CIN 2以上高级别病变中，多重感染并不常见，而以单一感染为主。HPV感染除了可以导致宫颈癌之外，还可导致其他癌症，如口咽癌、喉癌等等。2010年的美国的一项研究中发现，63.8%的口咽癌病例中发现HPV病毒。
随着研究的不断深入, HPV基因型与宫颈病变的关系必将被进一步阐明。针对于HPV型别与宫颈病变不同级别的相关性、HPV与其他癌症之间的关系、HPV分子流行病学已成为研究的热门。
6、指导HPV疫苗的研究及使用。
世界范围内不同地区的人群感染HPV的型别都有不同，中国的不同省市感染HPV的型别的比率也有所不同。HPV分型检测可以分析不同地区HPV感染的流行状况，同时根据此结果可以针对性的开发适用于该地区的HPV病毒基因预防性疫苗。
现在美国已经通过FDA认证的HPV预防性疫苗，只能对HPV16、18、6、11型的感染进行预防，这四种类型主要是基于美国等欧美国家的研究数据，并不符合中国实际的感染情况。在中国，HPV52、58型别感染相对较多，总的感染率大约为30%-40%，如果单纯使用美国研制的疫苗，并不能起到预防的作用。
同时，美国FDA认可的HPV预防性疫苗使用的先决条件必须是没有感染过HPV16、18、6、11型别，这就使得疫苗注射前进行HPV分型检测显得尤为重要。
7、可用于对宫颈癌治疗方法选择的研究。
2011年一项研究指出：与单一的放疗（RT）治疗手法相比，化疗联合放疗（CCRT）的治疗方法对感染HPV18型和58型的宫颈癌患者有更明显的治疗效果，而对感染HPV16型和33型的宫颈癌患者CCRT的治疗效果与RT相当。这一前瞻性的研究，为将来针对HPV基因型别进行癌症治疗的研究提供一个方向，这可以有效的减少病患在治疗过程中产生的经济和身体心理痛苦。
综上所述，开展HPV基因分型检测对于临床诊疗、学术研究都有着重要的意义。