人类MHC包含三类紧密的相连的基因，Ⅱ类基因的位点在染色体的着丝点端其产物为HLA-DR，-DQ，-DP抗原( )。Ⅰ类HLA的位点在另一端，其产物为HLA-A，-B，-C抗原，中间为补体成分C2，C4，21-羟基酶及肿瘤坏死因子的位点。
HLA是一个等显性遗传系统，即每个基因所决定的抗原都在细胞膜上显示，( 同一条染色体上不同位点的等位基因紧密连锁在一起，组成单倍型，从亲代传给子代。因此每个人都有分别来自父母的两个单倍型。对一个个体做HLA分型时，得到的是表型结果。每一位点最多检查出两个抗原。如只检查出一个抗原说明是纯合子，或是带一个空白基因，只有通过家系调查才能知道其基因型