潜伏感染指显性或隐性感染后，病毒基因存在于一定组织或细胞内，但并不能产生感染性病毒但在某些条件下可被激活而急性发作。病毒仅在临床出现间隙性急性发作时才被检出在非发作期，用一般常规方法不能分离出病毒。如单纯疱疹病毒1型感染后，在三叉神经节中潜伏此，时机体既无临床症状也无病毒排出。以后由于机体受物理、化学、或环境因素等影响，使潜伏的病毒增殖。沿感觉神经到达皮肤，发生唇单纯疱疹。又如水痘-带状疱疹病毒(VZV)。初次感染主要在儿童引起水痘，病愈后病毒潜伏在脊髓后根神经节或颅神经的感觉神经节细胞内，暂时不显活性，当局部神经受冷、热、压迫或X线照射以及患肿瘤等机体免疫功能下降时，潜伏的病毒则活化，增殖，沿神经干扩散到皮肤发生带状疱疹。