尽管曾在大量感染后有极少数的死亡报道，但急性原发性组织胞浆菌病几乎都是自限性的。慢性空洞性组织胞浆菌病死亡由严重呼吸功能不全所致。未加治疗的进行性弥散性组织胞浆菌病死亡率>90%，并且常因误诊所致,因为症状和体征是非特异性的,特别是艾滋病人，常很快发展成为致命性感染。
(一)治疗
原发感染的组织胞浆菌病，甚至是较严重者，只要卧床休息，加强营养等支持疗法，即可逐渐痊愈。对于播散性病变、慢性空洞性病变、皮肤黏膜或系统性感染者，则应进行抗真菌药物治疗。首选药物是两性霉素B，对原发性病例，其总量应达0.5g，对慢性病例应达1～2g。对波及脑部的少见病例，可考虑鞘内注射。对心内膜炎患者，总量1～2g仍显不足，此时应与手术结合治疗。咪康唑、酮康唑及氟康唑等可口服治疗，副作用比两性霉素B小。当经药物治疗临床症状停止发展后，对大的肺部空洞及肉芽性损害可考虑手术切除。为了防止手术时病变加剧或播散，可预防性地运用两性霉素B。
(二)预后
进行性成人感染可有贫血、白细胞减少、体重下降，同时发生肺部感染而呈大片实变区，常迅速死亡。1岁以下儿童多数短期内死亡。