泌尿系结核是全身性疾病。故须重视全身的治疗。包括营养、环境、休息、医疗体育等。
现代化学治疗的进展,使泌尿系结核的治疗原则有所改变,以药物治疗为主，配合必要的手术治疗。早期泌尿系结核病变较轻，范围局限。在正确使用抗结核药物治疗后，多能治愈。只有在肾脏破坏严重或泌尿系统有严重并发症,如输尿管狭窄、膀胱结核性挛缩伴对侧肾积水时,才需要手术治疗。手术旨在去除不可修复的破坏病灶，解除梗阻，抢救肾功能。
肾切除术适用于广泛破坏的一侧肾结核，或结核肾伴严重继发感染而丧失功能者，此时可将病肾切除。双肾结核并不是手术的绝对禁忌，一侧肾结核破坏无功能，另一侧病变较轻仍可将破坏严重的一侧肾切除。
肾部分切除术适用于结核病灶局限于肾一极而药物不能治愈，同时肾盏和输尿管均无改变者。若唯一有功能的肾需作肾部分切除时,则应保留2/3的肾组织以免引起肾功能不全，适应症必须严格掌握。由于药物治疗的进步，部分肾切除已极少应用于肾结核的治疗。
肾病灶消除术适用于肾实质内完全闭合或引流不畅难以愈合的结核性空洞。腔内充满干酪样物质者，药物治疗常不能奏效，且为潜伏感染的来源。通过切开清除，可防止脓肿扩大或破溃，并可保留未受损害的肾组织。
肾结核并发严重膀胱结核伴对侧肾积水或双肾结核功能不良者，治疗上较为复杂，应积极抢救，尽量保存肾组织，恢复肾功能。
常用的抗结核药物有利福平、异烟肼,吡嗪酰胺、乙胺丁醇及链霉素等。一般都选用二种或三种药物联合应用效果较好，可延缓耐药性的出现并减少毒性反应。应用利福平、异烟肼、吡嗪酰胺三者合用可将疗程缩至6个月至1年。