一、西医
西医对附睾结核的治疗，主要有抗痨药物及手术两种途径。使用抗痨药物宜联合应用，药物及剂量如下：
链毒素：每日肌注1克，连用2周，以后每周2次，每次1克。
异烟肼：每次0.1克，每日3次口服。
对氨基水杨酸钠：每日～12克，分3次口服。
上述药物应用足量而不间断，一般连续应用3～6个月，然后根据症状与体征，以及精液及前列腺液化验来估计治疗效果。倘若上述药物疗效不佳时，可考虑应用氨硫脲，环丝氨酸，乙硫异烟胺，吡嗪酰胺，卡那霉素等药物治疗。在药物治疗同时，应该注意休息，同时加强营养，补充维生素。
当附睾结核结节较大，直径超过0.5～1厘米，而且病变范围广泛，甚至产生结核性脓疡或累及阴囊壁成为窦道时，经抗痨治疗效果不佳时，说明附睾结核已病入膏肓，附睾功能已丧失，留着不但多余，反倒可能对身体健康不利，所以干脆手术切除掉。若睾丸未遭波及，则必须保留睾丸。
勿须质疑，双侧附睾切除，生育力随即丧失。虽然有的医生尝试采用输精管睾丸吻合术，但因手术的成功率很低，故手术后生育力的恢复机会也微乎其微。
二、中医
阳虚痰凝型
证见：附睾或睾丸呈慢性增大，并有不规则硬结，精索增粗呈念珠状，阴囊部不适或下坠感；面色苍白，畏寒肢冷，腰酸膝软。舌质淡，苔白，脉细弱。
治法：补益肝肾，温经通络，化痰散结。
方药
主方：
1、未溃者，用阳和汤(古验方《外科证治全生集》)
处方：熟地黄30克，鹿角胶9克，肉桂末3克(冲服)，姜炭2克，白芥子6克，麻黄2克，甘草3克。水煎服，每日l剂。
2、溃后用先天大造丸(古验方)
处方：党参20克，白术9克，当归身12克，茯苓15克，菟丝子15克，枸杞子9克，黄精9克，牛膝9克，补骨脂10克，骨碎补10克，巴戟天10克，远志6克，广木香6克，青盐6克，丁香6克，熟地黄20克，仙茅9克，何首乌20克，胶枣肉10克，肉苁蓉9克，紫河车10克。水煎2次分2次服，每日剂。
中成药
1、未溃者，用小金丸，口服，每次9克，每日3次。
2、溃后者，用河车大造丸，口服，每次9克，每日3次；或参茸补丸，口服，每次9克，每日3次。
阴虚痰结型
证见：附睾或睾丸呈慢性增大，并有不规则硬结，子系增粗呈念珠状，自觉附睾或睾丸肿胀隐痛；颧红或面色潮红，微热，五心烦热，午后潮热，失眠盗汗，疲乏。舌质红，少苔，脉细数。
治法：补肾阴，降虚火，除痰湿。
方药
主方
1、未溃者，用滋阴除湿汤(黄吉堂《男科病》)
处方：川芎9克，当归12克，白芍15克，熟地黄20克，柴胡10克，黄柏9克，陈皮6克，知母9克，贝母9克，泽泻10克，地骨皮9克，甘草6克，生姜3片。水煎服，每日剂。
2、溃后者，用知柏地黄丸(参见遗精阴虚火旺型药方)。
中成药
1、知柏地黄丸，口服，每次9克，每日3次。
2、杞菊地黄丸，口服，每次9克，每日3次。
3、六味地黄丸，口服，每次9克，每日3次。