胆石症最严重的并发症是不同严重程度的急性胆囊炎，包括坏疽性、气肿性胆囊炎，胆囊周围脓肿和穿孔等。慢性结石性胆囊炎也是胆囊结石常见的并发症。除此之外，胆囊结石的并发症还有胰腺炎、肝脓肿、胆管炎、上行性肝炎、门静脉炎、Mirizzi综合征和胆囊癌等。除了慢性胆囊炎(几乎每个胆囊结石患者都合并有慢性胆囊炎)之外，大约20%的胆囊结石患者会发生并发症，并且随着年龄增长，发生并发症的发病率明显增加。
Mirizzi综合征和合流结石：
Mirizzi综合征是胆石症的一个少见的并发症。它是胆石嵌顿于胆囊颈部或胆囊管压迫肝总管并引起肝总管狭窄的一组症状。嵌顿于三管合流部的胆石，称之为合流结石(图1)。诊断Mirizzi综合征的3个要点为：胆囊结石嵌顿于胆囊颈部;结石压迫和结石本身刺激引起嵌顿部位的炎症、纤维化导致肝总管的部分机械性梗阻;反复发作胆管炎或因阻塞引起胆管炎性肝硬化。其临床症状主要是右上腹痛、黄疸、发热等胆管炎的表现。Mirizzi综合征和合流结石在胆囊造影上都不显影(无论口服或静脉)，B超和CT诊断胆囊颈结石的阳性率偏低，故常依赖PTC和ERCP等直接胆道造影确诊。Dietrich等认为只有存在胆囊管与肝总管平行的解剖异常时才可能发生Mirizzi综合征。但是多数学者认为并非如此。Mirizzi综合征的手术治疗往往很困难，术后常留有胆管狭窄和瘘管形成等后遗症。
胆总管结石的常见并发症为不同程度的胆管炎和胆管的细菌感染。其次，为胆石性胰腺炎、肝脓肿、败血症、胆肠瘘及胆石性肠梗阻等。因胆石压迫招致胆总管黏膜溃疡，进而引起胆总管狭窄者罕见。在我国，时而可见因胆石压迫引起胆管黏膜溃疡、坏死及出血，而西方国家，胆总管结石患者罕见胆道出血。此外，胆总管结石引起长期反复发作胆管炎及黄疸者可进一步发展成胆汁性肝硬化。