大多数肺炎支原体感染为临床显性感染而非隐性感染。大多数感染者仅累及上呼吸道。在经过2-3周，病情加重，表现发热、全身不适、头痛和咳嗽。咳嗽是肺炎支原体感染的特点，在随后的1-2天，咳嗽的频率和严重程度增加，可能会使患者衰弱。肺炎支原体感染这种症状逐渐加重的特点与流感和腺病毒呼吸道感染的急性发病有着明显的差别。5%-10%的患者可进一步发展成为气管支气管炎或肺炎，与患者年龄有一定的关系。在这一阶段，原先的临床表现仍然存在，咳嗽更加严重，痰白色较少，偶尔痰中带血。患者体温通常在37.8-38.5℃并伴有胃寒，但真正寒战（如肺炎双球菌肺炎患者）很少见。与流感（非典型肺炎临床表现）不同的是，肺炎支原体肺炎患者的肌肉酸痛、胃肠道症状很少见。与腺病毒肺炎区别是后者有时伴随有腹泻，但肺炎支原体很少有腹泻。