1.足够的疗程。支原体和衣原体是细胞内寄生的微生物，对抗生素不如一般的细菌敏感，所以用药时间应该相对较长，一般为两周左右。患者最好不要自行盲目购药服用，这样可能使病原菌接触到药物又没杀灭而产生耐药，下次此药就不管用了。
2.最好单一用药。药物之间相互作用是复杂多变的。一般来说，除非知道它们之间有协同互补作用，否则不应该同时用两种以上的药物来治疗非淋菌尿道炎。因为，这样做常常有害而无益，如药物之间有相互拮抗作用会降低疗效，增加治疗的费用，使病原菌对药物的耐药菌株增多，从而使进一步治疗难度加大。
3.重视性伴的检查和治疗。因为各种原因有些人患了性病而不愿意让家人知道，所以也忽视了对性伴的诊断和治疗，从而造成反复的感染，这并不代表治疗无效。