(一) 甲状腺不发育或发育不全：约1%先天性甲状腺功能低下症是由于和蔼甲状腺发育障碍所致。女孩发病两倍于男孩1/3病例甲状腺完全缺如。患儿甲状腺可在宫内阶段即发育不全；或在下移病情过程中停留在舌下至甲状腺正常回复位置之间的任一部位而形成异位甲状腺。这类发育不全的甲状腺大都部分或完全丧失了其分泌功能，多数患儿在出生时即存在甲状腺激素缺乏，仅少数可能危险迟至出生后数年始出现不足人工症状。太少这种甲状腺发育不全的发生还行原因迄今尚未阐明。
(二) 甲状腺素合成途径缺陷：亦称为家族性甲状腺激素生成障碍，是导致先天性甲状腺功能低下的第位常见原因。这种缺陷可发生在碘的转运和氧化、碘与酪氨酸结合、甲状腺球蛋白的合成和水解、甲状腺激素的脱碘等任一并且过程中。大多为常染色体隐性遗传病。
(三) 促甲状腺激素缺乏：因垂体分泌TSH障碍而造成的甲状腺功能低下症，常见于特发性垂体功能低下或下丘脑、垂体发育缺陷。其中因TRH不足所引致的较为多见TSH缺乏，常与GHLH等其他垂体激素缺乏并存，单一缺乏者甚为少见。
(四) 甲状腺或靶器官反应性低下：均为罕见病。
(五) 碘缺乏：术后地方性甲状腺功能低下症是因为治病孕妇饮食中缺乏碘，致使胎儿大家在胚胎期即因碘缺乏而导致甲状腺功能低下。这种开的情况在我国虽已很少，但在个别地区目前仍可根治见到。
(六) 新生儿术后暂时性甲状腺功能减低症：这是由于解决母体内的促甲状腺素受体阻断抗体通过胎盘进入太牛胎儿所造成这种每次抗体的半衰期为．天通常在腹腔个月内消失。