(一)治疗
NTIS是机体代偿降低能量消耗的反应，此时简单地给予甲状腺素替代治疗是无益处的，甚至是有害的，但在心脏移植或心衰时有用碘塞罗宁(T3)治疗获得益处的报道。NTI因为5’-DI活性降低。若要治疗也应该直接用碘塞罗宁(T3)而不是用T4，心脏搭桥术后给予碘塞罗宁(T3) (0.03～0.2μg/kg)可以提高心输出量，降低外周血管阻力，但是并不能降低心律失常和需要用正性肌药物的发生率，也不能降低患病和病死率。严重烧伤患者给予碘塞罗宁(T3)治疗并不能改善预后。同样给予NTI患者T4按1.5μg/kg虽然能提高患者血液T4和T3浓度，也不能降低病死率，而且肾衰和绝食患者会增加蛋白分解，起到破坏作用。因此绝大多数学者认为没有必要给NTI患者用甲状腺激素治疗。
(二)预后
其预后取决于原发病，伴有低T3一般是预后不良的信号。
对低T3、低T4综合征而言，采用TH补充疗法是否有益尚无肯定性结论。有人曾观察142例冠状动脉搭桥的手术患者，术前血清T3正常，搭桥术开始30min后，血清T3下降40%，静脉输入T3后，血清T3上升至超过正常水平，术后血清T3又恢复正常。术后输入T3的患者心脏指数高于对照组，周围血管阻力低于对照组，但两组心律失常的发生率、病死率无区别。Brent曾观察11例严重NTIS患者服用L-T4的效果，并以12例患者作为对照，两组病死率无区别，认为补充TH无效。该研究说明TH无论是外源性T3或T4均对NTIS的预后无影响，主要应治疗原发病。原发病恢复后，一般TH水平可恢复正常，除非患者存在原发性甲状腺疾病。
有人认为，低T4可作预测疾病及预后的指标，T4<38.7nmol/L的病人病死率达68%～84%。多数重度低T4综合征者于2周内死亡(70%)，若T4<25.8nmol/L，1个月内全部死亡。低T3综合征亦常见于老年人，这些人可无急性重症并发症，其原因未明，这些病人一般不必治疗。