肥胖的病因相当复杂，主要有遗传因素和环境因素
遗传因素：1. 目前已知至少有24种以肥胖为主要临床表现之一的孟德尔遗传病，如Bardet-Biedl综合征（表现为肥胖、智能低下、视网膜色素变性、多脂畸形及性功能低下等）及Prader-Willi综合征（表现为肥胖、智能低下、性发育障碍及肌张力减退）。2. 已陆续确认了6种单基因突变肥胖症；3. 遗传因素在肥胖症发病机制中参与程度至少在20%-40%；4. 遗传因素赋予个体的是发生肥胖症的易感性。
环境因素：1. 生活方式：A. 饮食、食物性质及进食习惯与肥胖关系密切。高脂、高热量饮食，过少食用蔬菜、大麦及粗粮，嗜零食、甜食和晚餐进食过多以及进食过快等均是单纯性肥胖发生的独立危险因素；B. 运动不足是现代社会中导致肥胖患病率增加的重要原因。2. 社会因素：A. 拥有特权的阶层肥胖者较多；B. 发展中国家肥胖患病率剧增的重要原因之一是缺乏营养卫生教育，在发达国家还与受教育水平低、社会阶层低等因素有关。
其他还有药物影响，如有些精神病治疗药、抗抑郁药、抗癫痫药、糖皮质激素、部分糖尿病治疗药等可使体重增加。