本病治疗以非手术疗法为主，加强全身支持疗法、纠正水电解质失常、解除中毒症状、积极防治中毒性休克和其他并发症。必要时才予手术治疗。
(一)非手术治疗
1、一般治疗： 休息、禁食，腹痛、便血和发热期应完全卧床休息和禁食。直至呕吐停止，便血减少，腹痛减轻时方可进流质饮食，以后逐渐加量。禁食期间应静脉输入高营养液，如10%葡萄糖、复方氨基酸和水解蛋白等。过早摄食可能导致疾病复发，但过迟恢复进食又可能影响营养状况，延迟康复。腹胀和呕吐严重者可作胃肠减压。腹痛可给予解痉剂。
2、纠正水电解质紊乱 ：本病失水、失钠和失钾者较多见。可根据病情酌定输液总量和成分。儿童每日补液量约80～100ml/kg，成人2000～3000ml/d，其中5%～10%葡萄糖液约占2/3～3/4，生理盐水约占1/3～1/4，并加适量氯化钾。
3、抗休克： 迅速补充有效循环血容量。除补充晶体溶液外，应适当输血浆、新鲜全血或人体血清白蛋白等胶体液。血压不升者可配合血管活性药物治疗，如α-受体阻滞剂、β-受体兴奋剂或山莨菪碱等均可酌情选用。
4、抗生素： 控制肠道内感染可减轻临床症状，常用的抗生素有：氨基苄青霉素(4～8g/d)、氯霉素(2g/d)、庆大霉素(16～24万u/d)、卡那霉素(1g/d)，舒氨西林(6.0g/d)、复达欣4g/d或多粘菌素和头孢菌素等，一般选二种联合应用。
5、肾上腺皮质激素： 可减轻中毒症状，抑制过敏反应，对纠正休克也有帮助，但有加重肠出血和促发肠穿孔之危险。一般应用不超过3～5天;儿童用氢化可的松每天4～8mg/kg或地塞米松1～2.5mg/d;成人用氢化可地松200～300mg/d或地塞米松5～20mg/d，均由静脉滴入。
6、对症疗法： 严重腹痛者可予度冷丁;高热、烦躁者可给予吸氧、解热药、镇静药或予物理降温。
7、抗毒血清： 采用welchii杆菌抗毒血清42000～85000u静脉滴注，有较好疗效。
(二)外科手术治疗
下列情况可考虑手术治疗：
1、肠穿孔;
2、严重肠坏死，腹腔内有脓性或血性渗液;
3、反复大量肠出血，并发出血性休克;
4、肠梗阻、肠麻痹。
5、不能排除其他急需手术治疗的急腹症。
手术方法：
1、肠管内无坏死或穿孔者，可予普鲁卡因肠系膜封闭，以改善病变段的血循环;
2、病变严重而局限者可作肠段切除并吻合;
3、肠坏死或肠穿孔者，可作肠段切除、穿孔修补或肠外置术。