选用抗阿米巴药物的原则，不单是消除症状(消灭滋养体)，还应消除其传染性(消灭包囊)，以达到彻底治愈病人并消灭传染源的目的。过去常用依米丁(吐根素)和喹碘方(或卡巴砷)合并疗法，现在仍然适用。近10多年来又有一些新药用于临床，疗效好而毒性小。
1、甲硝唑(metronidazol，灭滴灵，flagyl) 对阿米巴滋养体和包囊都有效，很少毒性作用，已为国内外广泛采用。剂量3次/d，每次800mg，连服5～10天，可取得90%左右的疗效。有些治疗效果不好，可能和用量较小，致使肠腔达不到有效浓度有关。
2、替硝唑(甲硝磺酰咪唑)能杀灭阿米巴滋养体，对包囊也有一定的作用。剂量2次/d，每次1g，连服3～5天，可获90%以上的疗效，副作用有腹部不适、恶心、呕吐、便秘或腹泻，但出现率低且较轻。对心、肝、肾、血液均未见不良影响。
3、 二氯尼特(二氯散糠酸酯)对肠道的滋养体和包囊均有效。3次/d，每次500mg，连服10天，疗效在80%左右。副作用可有胃肠胀气。未见有何毒性作用。
4、氯苯草酰胺(etophamide)其特点是口服不吸收，杀虫效力比甲硝唑高。天口服20mg/kg，可获80%左右的疗效，目前临床应用的报道尚不多。
预后
无合并症的阿米巴结肠炎病人的预后较好，据Adams统计病死率为0.5%，主要死于严重的失水和电解质失衡。若已发生并发症，可明显影响预后。肠穿孔腹膜炎病死率可高达40.2%。所以应力争早诊断早治疗。重症病人，在给以抗阿米巴的治疗同时，应给以认真地积极地对症治疗。一旦发生穿孔，应给予紧急的手术治疗。