难辨杆菌是专性厌氧菌，革兰阳性，可形成芽胞，无动力。细菌可产生4种代谢物:A毒素(肠毒素)、B毒素(细胞毒素)、蠕动改变因子和不稳定因子，与发病密切相关者为A、B两毒素。本病常发生于大手术或广谱抗生素治疗后，亦见于慢性消耗性疾病如慢性肺部疾病、慢性肝炎、肝硬化、再生障碍性贫血、白血病、恶性肿瘤、糖尿病、尿毒症、蛇咬伤、心脏病，特别是心力衰竭与心肌梗死，以及肠梗阻、败血症等基础上。目前已确认本病由革兰阳性厌氧菌难辨梭状芽胞杆菌在肠道大量繁殖而引起，其外毒素可使肠粘膜坏死，并形成伪膜。实验表明难辨梭状芽胞杆菌毒索可使仓鼠发生伪膜性肠炎;这种毒素在组织培养中有明显的细胞毒作用，并与污泥梭状芽胞杆菌毒素呈交叉反应，可被后者的抗毒素中和。广谱抗生素特别是林可霉素(洁霉素)、克林霉素(氯洁霉素〕、庆大霉素等的应用，因可抑制肠道正常菌群生长，故为难辨梭状芽胞杆菌的滋生繁殖创造了有利条件。万古霉素和不吸收的磺胺类药物则可有效地抑制梭状芽胞菌的生长。根据研究推测，难辨梭状芽胞杆菌的外毒素在肠粘膜产生局部性的Schwartzman反应，造成小血管内凝血、血栓形成和血管壁坏死而导致肠粘膜、粘膜下层等组织的变性和缺血性坏死，形成伪膜。此外，外毒素可刺激粘膜上皮细胞的cAMP系统，使水、钠分泌大量增加，加重腹泻。