1.尿液检查 含有明确胎粪或显微镜检查存在有鳞状上皮细胞，则为直肠尿道瘘和直肠膀胱屡形成。
2.血象检查 有感染时白细胞和中性粒细胞增高;有贫血时血红蛋白浓度下降，红细胞计数减少。
3.血生化检查 可有水电解质紊乱，应做血钠、钾、氯、钙、镁和血pH值，肌酐等检查。
先天性肛门直肠畸形的诊断在临床上并不困难，但主要的是如何正确测定闭锁的高度，直肠盲端与耻骨直肠肌的关系和有无泌尿系瘘以及骨骼畸形存在。
4.X线倒置位摄片法检查 X线检查为必不可少的诊断措施。Wangensteen和Ricc在1930年首先描述X线倒置位摄片法了解直肠末端气体阴影与会阴皮肤之间距离作为判断畸形位置，至今已被沿用了半个多世纪。其后Stephens提出了在倒置侧位片从耻骨中点向骶尾关节的连线，即PC线(pubococoygeal line)，这条连线相当于耻骨直肠环后部位置。Kelly又加以补充描述，同上侧位情况，新生儿坐骨嵴阴影犹如一逗号“，”，在其上端(Ⅰ点)作一条与PC线相平行的平行线，此处相当于耻骨直肠肌中央纤维平面，环抱直肠或瘘管或围绕泄殖腔、阴道或尿道。Smith提出在PC线以上为高位，PC线与Ⅰ点之间属中间位，低于Ⅰ点的连线为低位畸形。这对决定治疗措施，选择手术方式有重要意义。1970年墨尔本国际小儿外科学术会议上一致认为这种X线的判断方法较为正确，现已为国际上公用的判别方法。
(1)操作方法：倒置侧位片其操作方法是在小儿出生后24h后先将患儿卧于头低位5～10min，用手轻柔按摩腹部，使气体充分进入直肠。在会阴部相当于正常肛门位置的皮肤上固定一金属不透光标记物，再提起患儿双腿倒置3min，X线中心与腹片垂直，射入点为耻骨联合。在患儿吸气时曝光，摄倒置侧位片。
(2)出现误差原因：需说明此种方法也有一定误差，其原因可能为：
①出生后24h内，婴儿吞咽的气体尚未达到直肠。
②倒置时过短。
③盲端由黏稠胎粪充盈，空气不易到达。
④X线射入角度不合适或在婴儿呼气时曝光等。
5.超声波检查 近年，经会阴直肠盲端穿刺抽吸以判断直肠盲端与皮肤距离已很少采用，用超声波可准确测出直肠盲端与肛门皮肤的距离。重庆医科大学曾在1985年试用B超诊断15例先天性肛门直肠畸形。他们认为：其优点在于无损伤，对盲端位置根据胎粪的回声图像判断检查不受限制，不必倒置，误差比X线检查小。
6.瘘管造影 合并瘘管但诊断困难者，可采用瘘管造影，用碘油作侧卧位摄片。
7.尿道膀胱造影 可见造影剂充满瘘道或进入直肠，可确定诊断。对新生儿此法不易成功，阳性可肯定诊断，阴性不能除外。
8.X线腹部平片检查 在X线平片上同时发现膀胱内气体或液平面是诊断泌尿系瘘的简便可靠方法。其他如瘘管造影，尿道膀胱造影术也常应用于诊断。
9.X线骨盆前后位片 约有45%肛门直肠畸形新生儿有骶骨发育异常，而这种改变恰恰与以后排便功能有十分密切关联。因此，在摄片时应同时拍摄骨盆前后位片，视骶骨发育比例，这对小儿外科医师判断预后有助。
新生儿的两髂嵴最上点连线为A与A′，B与B′点是骶椎最外缘，AA′平行与BB′线，再取尾端C点，以C点划一条平行于BB′线的C线，见图5。正常儿童平均骶骨率(BC∶AB)=0.7～0.8，相反在严重肛门直肠畸形骶骨发育差者这比率甚至于可少于0，低的比率与排便功能预后差呈正比例。故骶骨率是肛门直肠畸形排便功能预后的一项指标。Currarino三联征是一种特殊骶骨畸形，其可合伴肛门狭窄与骶前肿块(如：脂肪瘤、骶前脊膜膨出等)。上海第二医科大学附属新华医院1998年曾报道过2例。
10.CT扫描和磁共振成像 为无损伤的技术，已逐步开始应用。Krasna等(1988)认为，Wangensteen和Rice提出的X线倒置侧位片已沿用了50多年，其正确性仅72%，改用CT扫描可了解无肛畸形中直肠盲袋的位置，4例报道中得出正确性高，不受到时间与体位影响，X线片中的骨性标志清晰等优点。