1、控制休克：补充从胃肠道丢失的液体和电解质，亦可通过口服葡萄糖盐水来补充氯化钠的丢失。同时纠正酸中毒。输注血浆、白蛋白或全血以补充血容量，必要时应用能改善肾脏灌注的升压药，如多巴胺等。肾上腺皮质激素可减轻毒血症。
2、扶植正常肠道菌群：立即停止原用抗生素，严重病例可口服乳酶生、维生素C、复合维生素B、谷氨酸等，或用健康成人粪便滤液150—200ml保留灌肠，以引入正常菌群。
3、病因治疗：在粪便培养确定致病菌及其药敏试验前，应选用对难辨梭状芽胞杆菌敏感的抗菌药物，如万古霉素和不吸收的磺胺类药物如磺胺胍(SG)或酞磺胺噻唑(PST)口服。甲硝唑(灭滴灵)亦有较好疗效。此外，还可酌情应用红霉素、氯霉素等，具体用法为：万古霉素，0.125一0.5g,每日4次口服，疗程为5一7d;杆菌肽25000U，每日3次口服，疗程同上;甲硝唑(灭滴灵)1.2一1.6b,分3一4次服用，重症者可静滴，1一2g/d,疗程5一7d。20%一24%患者在停用万古霉素后1一25d内复发，约 11%患者病情反覆可达2次以上，加大药物剂量并不能降低复发率，复治应用万古霉素仍有效。
4、其他：考来烯胺(消胆胺)可与毒素结合以减少毒素的吸收，并促进未段回肠对胆盐的吸收，以改善腹泻。止泻剂可诱发急性结肠扩张，应慎用之。对手术后有严重营养不良者，可给予静脉高营养治疗。外科手术仅适用于出现并发症如肠穿孔、肠梗阻和中毒性巨结肠等患者。