自身免疫因素（30%）：
实践证明已在病人的血清中检测出非特异性抗结肠黏膜抗体，血清中抗大肠杆菌014型抗体，能与结肠上皮抗原起交叉反应等说明存在体液免疫紊乱，在组织培养中，患者的结肠上皮可被淋巴细胞损伤，反应细胞免疫失调，在患者的结肠黏膜固有膜中荧光免疫法测出有免疫复合物沉积。
神经精神因素（15%）：
精神创伤、情绪紧张或过度疲劳等，可使大脑皮层机能紊乱，皮层下中枢亢奋，通过自主神经(植物神经)使肠运动增强，肠血管和平滑肌痉挛，久之组织细胞缺血缺氧，抵抗力耐受力降低，毛细血管通透性增加，肠黏膜易发生炎性变、充血、水肿、糜烂、溃疡、出血。可以说，本病的发生与遗传因素有关，以自身免疫机能为根本，感染、神经精神因素为诱因。
感染（20%）：
由于本病结肠黏膜的炎症表现与一些感染性腹泻，如细菌性痢疾、阿米巴痢疾等相似，故认为是发病的启动因素。
遗传（10%）：
本病在不同种族、不同人群、不同体质的发病率有极大的差异，白种人的发病率远远高于黄种人和黑种人。