FMF 是一种常染色体隐性遗传病，致病基因 MEFV 位于染色体 16p13.3。基因检测有无 MEFV 基因突变及突变的类型，可帮助诊断，但约有 30％的典型表现的 FMF 患者未发现 MEFV 的复合杂合或纯合变异，未发现基因突变也不能除外诊断。
分子遗传学检测方法可以包括单基因测试、多基因套餐的使用，以及更全面的基因组测试。首先进行 MEFV 的序列分析，对于亚美尼亚、土耳其、阿拉伯、北非犹太人、伊拉克犹太人或德系犹太血统的个体，可先进行致病变异的靶向分析，如检测外显子 2 的 c.442G>C（p.Glu148Gln）、外显子 3 的 c.1105C>T（p.Pro369Ser）和 c.1223G>A（p.Arg408Gln）、外显子 10 的 c.2040G>C（p.Met680Ile）、c.2080A>G（p.Met694Val）等变异。如果单基因测试未能确认诊断，则可以考虑包括外显子组测序和基因组测序的更全面的基因组测试。
对于临床诊断困难但高度怀疑 FMF 的患者，基因检测可协助诊断，若检测到双等位基因 MEFV 致病变异则可证实诊断。同时，对于确诊患者的一级亲属和其他家庭成员，无论有无症状，都可提供分子遗传学检测，特别是当存在 p.Met694Val 等位基因时，因为可以通过秋水仙碱治疗预防肾淀粉样变性