=（1）痰标本采集方便，是最常用的下呼吸道病原学标本。室温下采集后应在2小时内送检。先直接涂片，光镜下观察细胞数量，如每低倍视野鳞状上皮细胞<10个，白细胞>25个，或鳞状上皮细胞∶白细胞<1∶2.5，可作为污染相对较少的合格标本接种培养。痰定量培养分离的致病菌或条件致病菌浓度≥107cfu／mL，可认为是肺炎的致病菌；≤104cfu／mL，则为污染菌；介于两者之间，建议重复痰培养；如连续分离到相同细菌，浓度在105～106cfu／mL两次以上，也可认为是致病菌。
（2）经纤维支气管镜或人工气道吸引：受口咽部细菌污染的机会较咳痰更少，如吸引物细菌培养浓度≥105cfu／mL，可认为是感染病原菌，低于此浓度者则多为污染菌。
（3）防污染样本毛刷：如细菌浓度≥103cfu／mL，可以为是感染的病原体。
（4）支气管肺泡灌洗：如细菌浓度≥104cfu／mL，防污染BAL标本细菌浓度≥103cfu／mL，可认为是致病菌。
（5）经皮细针抽吸：这种方法的敏感性和特异性很好，但由于是创伤性检查，容易引起并发症，如气胸、出血等，应慎用。临床上一般应用于对抗生素经验性治疗无效或其他检查不能确定者。
（6）血和胸腔积液培养：血和胸腔积液培养是简单易行的肺炎病原学诊断方法。肺炎患者血和痰培养分离到相同细菌，可确定为肺炎的病原菌。如仅血培养阳性，但不能用其他原因如腹腔感染、静脉导管相关性感染等解释，血培养的细菌也可认为是肺炎的病原菌。胸腔积液培养的细菌可认为是肺炎的致病菌。由于血或胸腔积液标本的采集均经过皮肤，故其结果需排除操作过程中皮肤细菌的污染。
明确病原学诊断有助于临床治疗，尤其对于医院获得性肺炎。但是，病原学诊断的阳性率和特异性不高，而且培养结果滞后，不利于指导早期的抗菌药物治疗。因此，可根据肺炎是社区获得或医院获得来估计可能的病原体类型，发生在住院早期的医院获得性肺炎病原体与社区获得性肺炎基本相同。也可根据各种肺炎的临床特征和放射学特征估计可能的病原体