支气管扩张症治疗的主要目的是缓解反复咳嗽、咯痰等症状，减少呼吸道感染次数，维持肺功能稳定，改善患儿生活质量。
儿童支气管扩张症的治疗方法包括：物理治疗、抗菌药物使用、抗炎治疗、免疫球蛋白替代治疗、其他药物的使用、手术治疗。
物理治疗
体位引流、用力呼气技术、呼气正压面罩、口腔呼吸道振荡器、高频胸壁振荡背心、肺内振荡通气等呼吸道清理技术是治疗支气管扩张症的基础且有效的方法，不仅可通畅呼吸道，改善临床症状，而且能减轻炎症和防止气道的进一步损伤。
一项随机交叉试验证实，每天2次的物理治疗可有效减轻咳嗽，减少24h排痰量，提高活动耐力及生活质量。
抗菌药物使用
抗菌药物治疗可避免感染对呼吸道造成的进一步损伤，有助于维持肺功能稳定、提高生活质量。
支气管扩张症患儿出现急性加重时，可考虑应用抗菌药物。
仅有脓性痰液或仅痰培养阳性不是应用抗菌药物的指征。
对于是否长期应用抗菌药物尚存在争议。
雾化吸入给药可减少不良反应。
在成人，有研究使用吸入性抗菌药物治疗稳定期支气管扩张症可明显降低患者的痰菌量，增加痰中铜绿假单胞菌的清除率，且极少出现细菌耐药和新的致病菌。
文献报道在囊性纤维化(cysticfibrosis，CF)患儿中应用吸入性抗菌药物可改善肺功能，降低铜绿假单胞菌定植密度，减少住院天数及口服抗菌药物时间。但在非CF患儿中尚无相关的大规模临床研究。