硫酸庆大霉素不良反应发生率较高的有听力减退、耳鸣或耳部饱满感等耳毒性反应， 少数患者停药后仍有上述症状发生；影响前庭功能时可发生步履不稳、眩晕。
少数患者可能发生血尿、管型尿、蛋白尿、甚至血尿素氮增高，发生率为2%-10%;也可出现食欲缺乏及极度口渴等肾毒性症状；非少尿型肾毒性较常见，表现为多尿、蛋白尿等，大多可逆;严重的肾毒性会出现排尿次数减少或尿量减少、急性肾衰竭等，较少见。
神经肌肉阻滞，如呼吸困难、嗜睡、软弱无力等，发生率较低，也可能由肾毒性引起上述症状。
偶有恶心、呕吐、肝功能减退（ALT、AST、血清胆红素及血清 LDH的测定值升高）。
过敏反应可偶见皮肤瘙痒、皮疹。血液检查白细胞、粒细胞减少。
经眼给药后偶有局部灼热感或针刺感。代谢/内分泌系统，检查血钙、镁、钾、钠浓度的测定值可能降低。
有报道本药全身应用合并鞘内注射时可引起腿部抽搐、皮釋 发热和全身痉挛等症状;长期应用可能导致耐药菌过度生长；贫血、血压。