药明生物基于英伟达 BioNeMo 平台开发了多个相关模型,以下是一些主要模型及其介绍:
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WuXi ProDesign1:
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模型定位:专注于抗体与蛋白药物设计的生成式 AI 模型。
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训练数据:基于药明生物积累的实验数据与英伟达 BioNeMo 平台训练。
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功能作用:可预测蛋白质稳定性、设计突变库、优化结合亲和力,已被用于 20 余个抗体项目的开发。结合 AlphaFold 3 预测抗原结合位点,能生成高稳定性双抗框架。例如针对某癌症靶点(PD - L1/CTLA - 4 双抗),2 个月内生成 30 种候选分子。
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GPT - BioVector(开发中)1:
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模型定位:基因治疗专用模型。
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技术基础:结合药明的基因治疗生产数据与 Transformer 架构。
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功能作用:利用 Transformer 预测载体衣壳蛋白的免疫原性与组织靶向性。
此外,英伟达 BioNeMo 平台自身还包含一系列模型,如 ESM - 2、MegaMolBART、ProT5 等,药明生物可能会基于这些模型进行进一步的开发和应用58。例如,ESM - 2 是一个支持蛋白质结构预测的强大 LLM,MegaMolBART 是用于小分子生成的模型,可用于反应预测、分子优化和从头开始分子生成等任务5。