对于慢乙肝患者而言，主要有以下几个比较值得关注的特殊人群，即处于疾病本身的特殊阶段的患者，比如肝硬化、肝衰竭、肝癌人群。
1.肝硬化患者
中国乙肝相关肝硬化的患病人群是相当大的，因此这个人群的治疗还是比较受到关注的。
我国2015年新版慢乙肝防治指南针对乙肝肝硬化患者抗病毒治疗的指征放宽并简化了抗病毒治疗适应证，只要存在肝硬化的客观依据，无论ALT和HBeAg情况，HBVDNA阳性患者均建议积极抗病毒治疗。
这里需要强调的是，对于普通HBVDNA检测阴性的肝硬化患者应尽量完善高精度HBVDNA检测。
甚至有指南提出对于失代偿肝硬化患者而言，只要HBsAg阳性，应考虑抗病毒治疗对这类患者优先推荐选用强效低耐药的核苷(酸)类似物(NAs)ETV或TDF进行抗病毒治疗。对于肝硬化患者，长期抗病毒治疗是至关重要的。
2.肝衰竭患者
无论是急性、亚急性和慢加急性肝功能衰竭患者，只要HBsAg阳性或HBVDNA阳性，应尽早应用NAs抗病毒治疗，建议ETV或TDF这类强效低耐药的NAS进行抗病毒治疗。
需要强调的是对于这类患者抗病毒治疗一定要“早”“强”“长期”;不能等到肝衰竭中晚期再抗病毒;不能选用快速抑制病毒的药物;更不能随意停药、短期服药。
3.肝癌患者
目前大家对于HBV相关肝癌逐渐有了更深入的认识。对于HBV相关的HCC患者，外科手术切除、肝动脉化疗栓塞、放射治疗或消融等治疗可导致HBV复制活跃，因此HBV抗病毒治疗是肝癌综合治疗中的重要组成部分。而且有效的抗HBV治疗能够尽量减少残存的好的肝细胞再发肝癌。