HBV是一种双链DNA病毒，病毒基因组松弛环状DNA(rcDNA)、共价闭合环状DNA(cccDNA)、前基因组RNA(pgRNA)是该病毒复制周期中重要的中间体，其中cccDNA的产生和存在是现有抗病毒手段难以根治乙肝的主要因素。
乙型肝炎病毒感染标志物及检测
HBsAg---病毒“外衣”
HBsAg是一分泌性包膜蛋白，可作为肝细胞感染HBV的一个重要标志物。在CHB病程中，HBsAg在免疫耐受期含量最高，在免疫清除期开始下降，在HBeAg血清学转换后下降缓慢。血清中HBsAg的清除是欧洲肝病学会(EASL)等慢性肝病防治指南中提出的理想治疗终点。但在HBsAg消失的个体中，有约一半以上者血清中仍可持续出现低水平HBVDNA。在HBsAg清除后数年的个体仍然会发生肝癌，特别见于年长或在HBsAg清除前已经发生肝硬化的患者。
目前已进入临床应用的HBsAg定量检测敏感度在0.05IU/ml，新的线性HBsAg检测定量系统，敏感性已达到0.005IU/ml。采用敏感方法进行HBsAg等检测将有利于临床隐匿性肝炎的诊断、献血源筛选以及原发性肝癌发病监测。
HBeAg---病毒“内衣”
HBeAg是HBV基因组中C区基因编码的非结构性分泌蛋白，研究表明HBeAg是否发生血清学转换与患者的年龄、ALT水平和HBV基因型有关。越早发生HBeAg转换或者HBeAg阳性期越短，治疗缓解的几率越高。
目前已有商业化HBeAg定量检测系统，定量监测HBeAg水平对治疗应答有较好地预测价值。
HBcAg---“帮凶”
HBcAg则是HBV病毒衣壳的结构蛋白，来自于pgRNA。由于HBeAg和HBcAg具有149氨基酸序列相同的片段，因此有文献将两者统称为HBV核心相关抗原(HBcrAg)。研究表明HBcrAg的检测可作为有创性肝组织cccDNA检测的替代检查，用于预测治疗后的复发及监测CHB病程。
目前国内临床尚没有常规开展HBcrAg的检测，该指标较现有标志物的可能优势，特别是与肝内cccDNA检测的相关性及其动态应用价值尚有待进一步评价。
HBV-DNA---内外衣包裹下的病毒“元凶”
HBV-DNA定量检测是临床判断病毒复制水平的直观指标，也是判断疗效的有价值指标，与HBsAg定量检测联合应用对于预测抗病毒疗效具有一定临床意义。近年CFDA已经明确规定新申请注册的HBVDNA检测试剂的分析灵敏度应不低于30IU/ml，较既往500IU/ml的标准有了显著提高。
目前国内HBVDNA定量检测基本以使用国产试剂为主，但30～100IU/ml的临床检测性能，部分国产试剂的重复性、准确性尚有待提高。