【实验目的】
1、掌握蛋白质序列检索的操作方法；
2、熟悉蛋白质基本性质分析；
3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、 结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测；
4、了解蛋白质结构预测。
【实验内容】
1、使用 Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素 (adiponectin)蛋白质序列；
2、使用BioEdit软件对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成、和疏水性等基本性质分析；
3、对人脂联素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析；
4、对人脂联素蛋白质序列进行motif结构分析；
5、对人脂联素蛋白质序列进行二级结构和三维结构预测。
【实验方法】
1、人脂联素蛋白质序列的检索：
（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址 (
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez)；
（2）在Search后的选择栏中选择protein；
（3）在输入栏输入homo sapiens adiponectin；
（4）点击go后显示序列接受号及序列名称；
（5）点击序列接受号 NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens])后显示序列详细信息；
（6）将序列转为FASTA格式保存(参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列)；
2、使用BioEdit软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析：
打开 BioEdit软件→将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击sequence栏→选择 protein→点击Amino Acid Composition→查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成；
或者选择protein后，点击 Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看该蛋白质分子疏水性水平；
3、人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析：
（1）进入NCBI/Blast网页；
（2）选择Protein-protein BLAST (blastp) ；
（3）将FASTA格式序列贴入输入栏；
（4）点击BLAST；
（5）查看与之同源的蛋白质；
4、人脂联素蛋白质序列的motif结构分析：
（1）进入
http://hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCAN网页；
（2）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏；
（3）点击Scan；
（4）查看分析结果（注意Prosite Profile中的motif information）；
5、人脂联素蛋白质序列的二级结构预测：
（1） 进入下列蛋白结构预测服务器网址：
http//www.embl-heidelberg.de/predictprotein//predictprotein.html (The PredictProtein Server)；
（2）在You can栏点击default；
（3）填写email地址和序列名称；
（4）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏点击Submit；
（5）从email信箱查看分析结果；
6、人脂联素蛋白质序列的三维结构预测：
（1） 进入
http//www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html （SwissModel First Approach Mode）网页；
（2）填写email地址、姓名和序列名称；
（3）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏；
（4）点击Send Request；
（5）从email信箱查看分析结果（注：需下载软件入rasmol查看三维图象）。