2. 电泳分析
(1) 用50mM NaCl, 1mM EDTA制备1.4%的碱性琼脂糖电泳, 并置碱性电泳缓冲液中30分钟。
(2) 取样品液, 用TE调整体积, 使第一链和第二链产率测定液的体积相同,加入等体积的2×样品缓冲液(20mmol/L NaOH, 20%甘油,0.025%溴粉兰)。
(3) 加样,电泳到染料距前沿线只剩胶长度的1/3处,电泳缓冲液为30mmol/L NaOH, 1mmol/L EDTA。
(4) 将胶浸入7% TCA中,室温放置30分钟(直至染料由蓝色变至黄色),取出置滤纸上,干燥数小时。
(5) 用保鲜膜包裹干燥的胶,室温压X光片(用增感屏时-70℃压片)。
二、其它cDNA合成技术
除Riboclone M-MLV(H-)cDNA合成技术外,Promega公司还提供有多个AMV合成试剂盒,不同试剂盒所提供的引物或引物一延接头(Primpr- Adaptor)不同,有oligo(dT)15 引物、随机引物、XbaⅠ引物-延接头、NotⅠ引物-延接头等,其余试剂一样,这些系统包括:
20mg 引物
20ml 5×第一链缓冲液, 配方如下:
250mmol/L Tris·Cl,pH8.3(42℃);250mmol/L KCl;50mmol/L
MgCl2; 2.5mmol/L 亚精胺(Spermidine); 50mmol/L DTT;
20mmol/L dATP, dCTP,dGTP,dTTP(各5mmol/L)。
50ml 40mM焦碳酸钠
625m rRNasin RNA酶抑制剂
600m AMV反转录酶
5mg 1.2kb对照RNA
200ml 10×第二链缓冲液,配方如下:
400mmol/L Tris·Cl,pH7.2; 900mmol/L KCl; 30mmol/L
MgCl2; 30mmol/L DTT; 0.5mg/ml BSA。
2m E.Coli RNaseH
500m E.ColiDNA PolymeraseⅠ
100m T4 DNA PolymeraseⅠ
1.5ml 不含核酸酶的水
以上所有试剂除对照RNA需在-70℃保存外,其余均可保存于-20℃,可以合成40mgmRNA。
(一)第一链合成
下面介绍的是25ml体积反应系统,该系统可合成多至2mgmRNA,每增加1mg mRNA,需增加反应体积10ml,如5mg mRNA需55ml反应体积。
引物或引物-延接头和反转录酶与mRNA的比例应分别保持为0.5mg/mg(对NotⅠ引物-延接头为0.3mg/mg)和15m/mg.
1、试剂:
[a-32P]dCTP(>400ci/mmol),EDTA(50mM和200mM),TE饱和酶/氯仿,7.5mM NH4Ac,100%和70%乙醇,TE缓冲液(10mM Tris·Cl,pH8.0,1mm EDTA)。
2、操作步骤:
(1)取一灭菌的无RNA酶的eppendorf管加入的RNA样品,及引物或引物-延接头,用H2O调节0.5mg引物 /mg mRNA(或0.3mg NotⅠ引物-延接头/mg mRNA)的体积至15ml,70℃加热5分钟,待冷至室温,离心数秒钟使溶液集中在管底,然后依次加入:
5×第一链缓冲液 5ml
rRNasinR RNA酶抑制剂 25ml
40mM焦碳酸钠2.5ml
AMV反转录酶 15m/mg RNA
加无水RNA酶水至总体积25ml
在加入焦碳酸钠和AMV反转录酶前,需将反应液42℃温浴5分钟,以阻止焦碳酸钠沉淀。焦碳酸钠主要用于抑止第一链形成发夹结构。
(2)轻弹eppendorf管,取出5ml至另一加于2-5m[a-32P]dCTP c>400ci/mmol)(其体积不能超过1ml),用以第一链同位素掺入放射性活性测定。
(3)42℃温浴1小时。
(4)取出置冰上。
(5)掺入测定的eppendorf管加入50mM EDTA,终止反应,并使总体积为100ml。可取90ml进行电泳分析,另10ml进行同位素掺入测定。
(6)第一链合成离心管可直接用于第二链合成。
(二)第二链合成
第二链合成可在第一链合成反应液中直接进行。