二、将变性RNA转移至硝酸纤维素滤膜
电泳完毕后，可立即将乙醛酰RNA自琼脂糖凝胶转移至硝酸纤维素滤膜，有以下几种转移方法：毛细管洗脱法、真空转移法和电印迹法。毛细管洗脱法如下所述， 真空转移法和印迹法则按有关仪器生产厂家产品说明书进行。尽管有人认为在转移前对琼脂糖凝胶进行预处理实属不必（Thomas，1980）甚至有害（Thomas，1983）。
但我们认为含甲醛的凝胶必须用经DEPC处理的水淋洗数次，除去甲醛。如果琼脂糖中浓度大于1%或凝胶厚度大于0.5cm或待分析的RNA大于 2.5kb，需用0.05mol/L氢氧化纳浸泡凝胶20分钟。 然后在凝胶上放置硝酸纤维素凝膜或尼龙膜，RNA随向上迁移的缓冲液转移至固相支持体（硝酸纤维素滤膜或尼龙膜）上。
1、将凝胶移至一个玻璃皿内，用锋利刀片修凝胶的无用部分，在凝胶左上角（加样孔一端为上）切去一角，以作为下列操作过程中凝胶方位的标记。
2、用长和宽均大于凝胶的一块Plexiglas有机玻璃或一叠玻璃板作为平台，将其放入大千烤皿内，上面放一张Whatman 3MM滤纸，倒入20xSSC使液面略低于平台表面，当平上方的3MM滤纸温透后，用玻棒赶出所有的气泡。
3、用一把新的解剖刀或切纸刀裁一张硝酸纤维素滤膜（Schleicher &Schuell BA85或与之相当的产品）。滤膜的长度和宽度应分别比凝胶大1mm， 接触滤膜时须戴手套或用平头镊子（例如Millipore镊子），用有油腻的手接触过的硝酸纤维素滤膜不易浸温。
4、将硝酸纤维素滤膜浮在去离子水表面，直至滤膜从下向上湿透为止，随后用20xSSC浸泡滤膜至少5分钟，用干净的解剖刀片切去滤膜一角，使其与凝胶的切角相对应。不同批号的硝酸纤维膜，其浸湿速率相差悬殊。如滤膜池浮在水面上几分钟后仍未湿透，应另换一张新滤膜，因为未均匀浸湿的滤膜进行RNA 转移是靠不住的。这种滤膜也不必丢弃，可将其夹在用2xSSC浸湿的3MM滤纸中间，高压5分钟。通常上述处理足以使硝酸纤维素滤膜湿透。高压处理的滤膜应夹在经过高压理理并用2xSSC浸湿的3MM滤纸中间，装入塑料袋，密封后于4℃保存备用。
5、将凝胶翻转后置于平台上温润的3MM滤纸中央，3MM滤纸和凝胶这间不能滞留气泡。
6、用Saran包装膜或Parafilm膜围绕凝胶周边，但不是覆盖凝胶， 以此作为屏障，阻止液体自液池直接流至凝胶上方的纸巾层中。并非堆放得十分整齐的纸巾，易于从凝胶的边缘垂下并与平台接触，这种液流的短路是导致凝胶中的 RNA的转移效率下降的主要原因。
7、在凝胶上方放置温润的硝酸纤维素滤膜，并使两者的切角相重叠。滤膜的一条边缘应刚好超过凝胶上部加样孔一线的边缘。滤膜置于凝胶表面适当位置后，就不应轻易移动，滤膜与凝交之间不应留有气泡。
8、用2xSSC溶液浸湿两张与凝胶同样大小的3MM滤纸， 温润的放置在湿润的硝酸纤维滤膜上方。用玻璃棒赶出其间滞留的气泡。
9、切一叠（5-8cm高）略小于3MM滤纸的纸巾，将其放置在3MM滤纸的上方。并在纸巾上方放一块越境玻璃板，然后用-500g的重物压实。其目的是建立液体自液池经凝胶向硝酸纤维素滤膜的上行流路，以洗脱凝胶中的RNA并使其聚集在硝酸纤维素滤膜上。
10、使上述RNA转移持续进行6-18小时，每当纸巾浸湿后，应换凝的纸巾。
11、转移结束后，揭去凝胶上方的纸巾和3MM滤纸，翻转凝胶和硝酸纤维素滤膜，以凝胶的一面在上，置于一张干的3MM滤约纸上，用一支极软铅笔或圆珠笔，在滤膜上标记凝胶加样孔的位置。
12、从硝酸纤维素滤膜上剥离凝胶弃之。以6x SSC溶液于室温浸泡滤膜5分钟，这一步可以除去粘着在滤膜上的琼脂糖碎片。从6xSSC溶液中取出滤膜，将滤膜上的溶液滴尽后平放在一张纸巾上。于室温晾干30分钟以上。为估计RNA的转移效率， 可将胶置于溴化乙锭溶液（0. 5 ug/ml ， 以0.1mol/L乙酸铵配制）中染色45分钟，于紫外灯下观察。
13、将晾干的滤膜放在两经张3MM滤纸中间，用真空炉于80℃干烤0.5-2 小时。如干烤时间过长，滤膜极易脆裂并可能发黄。如果滤膜并不立即用于杂交实验，可用铝箔宽松地包裹起来，在真空下贮存于室温。
14、仅适用于滤膜上含有乙醛酰PNA的情况：杂交前需用20mmol/L Tris-Cl（pH8.0）于65℃洗膜，除去RNA上的乙二醛分子。
三、转移至硝酸纤维素滤膜前后进行的RNA染色
当RNA自琼糖凝胶转移至硝酸纤维素滤膜之前，溴化乙锭的染色时间一般不宜过长，这是因为被染料饱和的核酸分子，其转移效率有所降低。然而，用溴化乙锭作短暂染色，既不至于对核酸转移过程产生可以察觉的掏作用，又独具同时检测凝胶和凝膜上的RNA的优点。
（一）方法I
1、电泳结束后，含乙二醛-DMSO的凝胶应浸入含溴化乙锭（0.5 ug/ml）的10mmol/L磷酸钠（pH7.0）溶液。甲醛凝胶需用无RNA酶的水淋洗，用20xSSC溶液浸泡，随后用含溴化乙锭（0.5ug /ml）的20xSSC溶液染色。
2、于室温染色5-10分钟，在紫外灯下观察，照像。
3、按前所述方法， 将凝胶中的RNA转移至硝酸纤维素滤膜，转移后能常在学光下也可看出已染色的RNA条带。
这种方法仅适用于每一泳道均含有相当大量（如5ug 以上）的RNA的情况。
（二）方法Ⅱ
硝酸纤维素滤膜上的RNA也可以用下述方法染色：从干烤后的硝酸纤维素滤膜上剪下所需的条带进行染色，也可以用经过杂交并经X光片曝光后的整张滤膜进行染色（A.Efstratiadis，未了表材料）。
1）将干燥的滤膜浸入5%冰乙酸中，于室温浸泡15分钟。
2）再将滤膜转移至0.5mol/L乙酸钠（pH5.2）、0.04%亚甲蓝溶液中， 于室温浸泡5-10分钟。
3）用水淋洗滤膜5-10分钟后，可见RNA分子量标准参照物带型锐利而poly（A）+mRNA为一模糊带型，由许多长度范围从500碱基以下至 5kb以上的各种mRNA共同组成，mRNA的平均长度约为2kb。
四、杂交和放射自显影
固定于滤膜上的RNA的预杂交、杂胶及淋洗等条件，与DNA杂交的相应条件基本相同。现简述如下：
1、用下列两种溶液之一进行预杂交，时间1-2小时。若于42℃进行，应采用：
50%甲酰胺
5xSSPE
2xDenhardt试剂
0.1%SDS
若于68℃进行，应采用：
6xSSC
2xDenhardt试剂
0.1%SDS
2、在预杂交液中加入变性的放射性标记探针，如欲检测低丰度mRNA， 所用探针的量至少为0.1ug，其放射性比活度应大于2x108计数/（分•ug）在适宜的温度条件下继续温育16-24小时。切记RNA只与双链DNA中一条单链互补，因此如用单链探针， 则必须是能与RNA互补的一条单链。
3、用1xSSC、0.1%SDS于室温洗漠20分钟，随后用0.2xSSX、0.1%SDS于68℃洗膜3次每次20分钟。
4、用X光片（Kodak XAR-2或与之相当的产品）进行放射自显影，附加增感屏于-17℃曝光24-48小时