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DNA的测序技术-2

作者:中华医学网发布时间:2017-10-13 10:32浏览:

(二):测序胶的制备

1:玻璃板的处理

A,长板(不带凹槽、反硅化处理,粘胶板)

a,2N NaOH浸泡1小时以上,自来水冲洗,海绵或软布蘸洗涤剂将板清洗干净,自来水冲洗掉全部洗涤剂,无离子水中过三遍,晾干。b, 在1ml95%乙醇,0.5%冰乙酸中加入5μl粘合硅烷。c, 用b中所配溶液浸透薄棉纸,用此薄棉纸均匀擦拭玻璃板d,晾干后,用95%乙醇单向擦拭该板,然后略微用力沿垂直方向擦拭该板。重复3此这一乙醇擦拭过程。

B:短板(带凹槽、硅化处理,不粘胶板)

a,海绵或软布蘸洗涤剂将板清洗干净,自来水冲洗掉全部洗涤剂,无离子水中过三遍,晾干。b,用硅化液浸透的薄棉纸均匀擦拭该板。c,晾干后,用薄棉纸擦掉多余的硅化液。

2,按图将两块玻璃板及夹条安装好。

3,制胶 6%的变性胶

Acr/Bis 19:1 ,

尿素 8M

Tris 90mM

硼酸 90mM

EDTA 2mM

TEMED(%) 0.05

抽气 4℃保存

临用前按400μl/75ml预混液的比例加入过硫酸氨(100mg/ml)

4:灌胶

(三):电泳

1,胶凝后,插入鲨鱼齿,

2,将Ⅰ中制备好的样品在90℃加热2分钟

3,加样,电泳,维持2000伏以上恒压(在加样前,同样电压预电泳),直至指示剂跑到胶下沿。

电极缓冲液为1×TBE。

(四):银染

1,电泳结束后,橇开板,将附着胶的一块板置于固定/终止液中浸泡过夜或震荡30分钟,直至指示染料消失。

2,凝胶洗涤,用超纯水震荡洗涤胶3次,每次2分钟,凝胶板从水中取出后,竖起控水10-20秒。

3,染色,将胶板移至染色液中,摇床震荡30分钟。

4,凝胶洗涤,将染色后的胶板,放入超纯水中2-3秒后,迅速取出并竖起控水,随后把胶板放入预冷的显影液中(用量为总量的1/2),充分震荡,当第一批条带后,把胶板移入预冷的另一半显影液中,震荡,直至全部条带出现。

注意:从放入水到放入显影液中,之间时间不超过5-10秒。

5,终止显影,在显影液中直接加入等体积的固定/终止溶液(第一步操作时用过的),停止显影反应并固定影象。

6,洗涤凝胶,在超纯水中洗涤凝胶2次,每次2分钟。

7,胶板干燥,将显影后的胶板置于室温下,自然干燥。

8,干燥后的胶片可以永久保存,或进行拍照或进行EDF胶片拷贝。

(五)EDF胶片拷贝

EDF胶片拷贝能增强条带的显色强度

1:在暗室中将干燥后的胶板置于光源上(胶面向上)

2:裁一条EDF胶片,进行曝光时间的确定

3:在红灯下,找到EDF胶片上有缺刻的一角,然后把EDF放于胶上,有缺刻的位置为左上角.在EDF上再放一干净的玻璃板。

4:根据以确定的曝光时间,对EDF曝光。

5:显影 在Kodax GBX显影液中显影1-5分钟

6:水洗1分钟

7:在Kodax GBX中定影3分钟

8:水洗1分钟.

9:烤干。

注意:

1: 鲨鱼齿插入深度不能过深,否则可上样量少,也不能过浅,否则易造成点样槽渗漏,一般插入深度以0.5毫米为好。2:一定要进行预电泳,其作用为提高胶的温度,防止DNA单链间的胶连3:上样前应用1毫升枪吸打上样孔,吸取样品应尽量不把上层矿物油带入,加样动作要快,以防止扩散。4:本实验所有部分尤其是(三),(四)、(五)三部分操作中一定要戴手套。

附录1:未知模板的用量

[200bp(PCR产物) 16ng]

[3000-5000bp(超螺旋质粒DNA4μg]

[48000bp(λ或粘粒DNA 1μg]

2:测序反应中所用聚合酶的特性

酶 持续合成能力bp 聚合速率bp/秒

Klenow片段 15-20 45

AMV 未测 5

测序酶 2000 300

Taq酶 >7600 35-100

3:引物设计要求

1):碱基组成应匀称,G+C含量为40-55%,长度为18聚。如G+C含量在此值外,则长度应为18+n/2,对于AT丰富区,n=50-(G+C)%;对于GC丰富区,n=(G+C)%-50。2),引物中不应含二重对称区,以防止形成发夹或颈环结构。3):引物纯度至少要到电泳级

4:各种溶液组成

5:ddNTP与dNTP的组成比例