血栓栓塞性疾病的治疗方法包括药物、介入治疗和外科手术，临床医师应全面掌握三种方法，预防与治疗相结合，使患者得到最大的获益。。
1、动脉血栓的防治
对于动脉血栓形成，实际上脑卒中、心肌梗死和外周血管闭塞是同一类疾病，具有相似的防治策略，使用的手段也大同小异。因此应整合和重组医疗资源，积极倡导成立血管血管疾病防治中心，让患者得到最优化的预防、诊断、治疗和康复，让医生、设备和药品发挥最大的作用，提高效率，提升防治水平。
通过防治高血压、血脂紊乱和糖尿病等危险因素，通过改变生活方式和药物干预等措施控制这些危险因素，延缓或者避免动脉粥样硬化病变的发生和发展。即便有了病变，也可以通过行为和药物干预避免斑块破裂，抗栓治疗预防斑块破裂的基础上形成血栓，预防出现血管事件。对已经发生血管事件的患者是要通过积极干预防止再发生类似的血管事件，可终身服用小剂量阿司匹林、他汀类调脂药物，可以稳定斑块和防止再发生血管事件。
对于导致血流动力学改变引起脏器灌注不足症状的动脉粥样硬化病变，应选择合适的介入治疗或外科手术，恢复官腔再通，预防血管事件的发生。
2、静脉血栓栓塞的防治
静脉系统的血栓形成应着重避免引起血流减慢的因素，如手术患者尽早离床活动，长时间飞行旅行注意定期活动下肢，大手术或者严重创伤患者术后使用抗血栓药物等。对于住院患者，应常规进行危险评估，根据危险分层情况，使用预先准备好的预防方案进行预防处理。静脉血栓栓塞的预防措施包括药物和器械两类。主要药物是低分子肝素、普通肝素和华法林，器械方法包括间歇充气压力泵（IPC）和梯度压力弹力袜（GCS），两者可联合应用，具体适应症和用法请参见2004年美国胸科医师学会（ACCP）的抗栓指南。
DVT治疗的目的是防止血栓延展和发生肺栓塞，防止血栓复发，防止发生血栓后综合征，抗凝治疗是主线。溶栓应仅限于那些巨大的髂股DVT，有继发于静脉闭塞肢体坏疽风险的患者。腔静脉滤器适用于下肢静脉近端血栓，抗凝治疗禁忌或有并发症；经充分抗凝反复发作肺栓塞；行肺动脉血栓切除术或肺动脉血栓内膜剥脱术的患者。手术和介入治疗仅限于可能发生静脉性坏疽，为了挽救肢体的情况。肺栓塞的预防同深静脉血栓形成。肺栓塞治疗的主要目的迅速降低肺动脉压力和肺血管阻力，挽救濒临死亡的患者，肺栓塞的溶栓治疗仅限于有血液动力学不稳定的患者，应及早开始和大剂量快速溶栓。
抗凝是静脉血栓栓塞的基本治疗措施，低分子肝素和华法林同时开始应用，国际标准化比值达到（INR）2.0-3.0之间连续两天停用低分子肝素，继续使用华法林。除积极治疗外，在出院后必须定期随访，在监测血液的情况下服用一段时间的华法林，以防血栓栓塞的复发。
3、动脉栓塞的防治
对已经发生的动脉栓塞，外科手术取栓使最有效的治疗方法，溶栓治疗和介入治疗的效果都不肯定。
动脉栓塞的主要原因是房颤，对房颤患者预防动脉栓塞的最重要办法是口服华法林，规范的抗凝治疗可降低脑卒中的风险68%，降低死亡23%，阿司匹林也有效，但效果明显不及华法林。
华法林和肝素（包括低分子肝素）是抗凝药物，其作用在于防止新血栓形成，对于已经存在的血栓，两类药物都没有直接的溶解作用，但机体自身具有很强的溶解和清除自身血栓的能力。越是新鲜或者新形成的血栓越容易脱落造成栓塞，抑制新的血栓形成也就防止深静脉血栓形成或者房颤患者发生肺栓塞或者脑栓塞的可能性。