心脏康复从时间上可分为3个阶段。以冠心病患者为例，3个阶段的目标和内容各有侧重又相互交叉。
Ⅰ期康复(院内康复期)为住院患者提供康复和预防服务。目标是缩短患者住院时间，促进日常生活能力及运动能力恢复，增加患者自信，减少心理痛苦，减少再住院;避免卧床的不利影响(如运动耐量减退、低血容量、血栓栓塞性并发症)，提醒患者戒烟并为Ⅱ期康复提供全面完整的病情信息和准备。
Ⅱ期康复(院外早期康复)目前我国冠心病患者平均住院时间约7天，Ⅰ期康复时间有限，因此Ⅱ期康复是核心阶段，既是Ⅰ期康复的延续，也是Ⅲ期康复的基础。Ⅱ期康复在出院后1~3周开始，持续3~6个月。但经皮冠状动脉介入治疗(PCI)、冠状动脉旁路移植术(CABG)后的患者常规于术后2~5周进行。本阶段增加了每周3~5次心电和血压监护下的中等强度运动(如有氧代谢运动、阻抗运动及柔韧性训练)，每次30~90分钟。
Ⅲ期康复(院外长期康复)为发生心血管事件1年后的院外患者提供预防和康复服务。康复前评估十分重要，低危患者及部分中危患者可进入Ⅲ期康复，高危患者及部分中危患者若病情仍未控制应转上级医院继续康复。部分患者在这个时期已能重新工作和进行日常活动，该阶段关键是维持已形成的健康生活方式和运动习惯。运动指导因人而异，低危患者无需医学监护，中危或高危患者仍需医学监护。这一阶段仍需继续纠正危险因素和给予心理社会支持。
国内外冠心病指南一致强调，改善预后的重要措施是充分使用有循证证据的二级预防药物，包括抗血小板药物、β受体阻滞剂、血管紧张素转换酶抑制剂(ACEI)和血管紧张素受体拮抗剂(ARB)、他汀类药物。目前我国冠心病二级预防用药状况非常不理想。PURE研究显示，我国冠心病患者接受以上药物治疗的比例依次为15.5%、6.8%、7.8%和2.0%，远低于应达到的100%甚至是西方国家水平。坚持二级预防，医生不仅要开具处方，还要个体化调整药物剂量，注意不良反应，鼓励患者坚持用药，及时发现心理、生理等问题，适当调整方案，从而提高用药依从性。