碘131治疗甲状腺癌总体上很安全，治疗后，一般只有短暂、轻微胃肠道不适和颈部肿胀、疼痛感，极个别有恶心、腹泻、口干现象。但一般不会引起呕吐、脱发(与处于甲状腺功能低下、睡眠不好有关)、骨髓和性腺抑制等严重的毒副反应。
通常不会引起不孕，也不会增加其他肿瘤的发生几率。
碘131清甲治疗的短期副作用(摘自2012中国甲状腺结节和分化型甲状腺癌指南问题)
治疗剂量的131I对DTC病灶、残留甲状腺组织、邻近组织和其他可摄碘的正常组织器官形成直接辐射损伤，导致不同程度的放射性炎症反应。清甲治疗后短期(1-15天)内常见的副作用包括：乏力、颈部肿胀和咽部不适、口干甚至唾液腺肿痛、味觉改变、鼻泪管阻塞、上腹部不适甚至恶心、泌尿道损伤等。
上述症状多出现于清甲治疗1-5天内，常自行缓解，无需特殊处置。有研究显示在131I治疗期采用服用酸性糖果、嚼无糖口香糖、按摩唾液腺或补液等措施，可减轻唾液腺的辐射损伤。但近期一项前瞻性、随机、双盲、对照研究报道：使用131I后不同时间含服维生素C未明显改变唾液腺的辐射吸收剂量。
大量饮水、多排尿和服用缓泻剂等措施可有助于减轻腹腔和盆腔的辐射损伤，但需注意引发电解质紊乱的可能性。合并其他慢性疾病和/或高龄DTC患者，持续甲减加上清甲后131I的损伤，基础疾病病情可能在短期内加重，需密切观察、及时处理。
另外，清甲治疗后短期内患者可能出现一些心理方面的改变，如无聊感、焦虑、失眠、恐惧等，这并非131I的直接损伤，而是源于治疗实施过程的一些因素(如辐射防护隔离、甲减逐渐加重和其他疾病影响等)
甲状腺癌做碘131治疗需要几次?
1、一般情况做一次碘131治疗，再加上门诊碘131扫描的评价(半年时停优甲乐后做)。
当评价结果是碘131清甲治疗结束时，复发转移的可能性会降低到3%以下，所以，碘131清甲治疗被称为预防性治疗。
2、当需要排除转移时，需要二次碘131治疗。
3、当确定转移灶摄取碘131后，需要继续碘131治疗，治疗次数由最后一次碘131治疗的检查结果决定