精准位病原菌 高通量测序提供检测手段

由病原微生物引起的感染性疾病是临床面临的最常见的疾病之一，目前病原体呈现多样化和复杂化的趋势，逐步威胁人类健康。从宿主中快速而准确地检测人类病原体的全基因组序列，将有助于对病原体的流行病学和进化动力学进行精细解析研究。

随着测序技术的飞速发展，NGS已逐步应用于感染性疾病的诊断。NGS检测无需对病原体进行分离培养，可直接对标本进行测序鉴别，大大缩减检测时间，并提高了灵敏度。

相较于宏基因组测序，杂交捕获测序的方式降低了背景的干扰，大大提高检测阳性率。

一起来看杂交捕获测序方法在国际上的表现

杂交捕获测序助力TB及耐药诊断

我国结核病患者居世界第二位。结核分枝杆菌对异烟肼（INH）、利福平（RFP）与链霉素（SM）耐药情况越来越多见。

研究者设计验证了分子探针用于针对结合分枝杆菌28个耐药位点的DNA捕获和深度测序；使用这些探针对具有已知耐药表型的1397个临床结核分枝杆菌菌株进行靶向测序。

结果表明利用杂交捕获的方法检测结核耐药，对利福平和异烟肼的耐药性检测敏感性和特异性超过90%。诊断耐药所需的突变数量很大，研究的13种药物涉及的18个遗传位点中有238个突变。

这些数据表明，通过高通量测序可发现二线结核药物耐药性。

杂交捕获测序助力脑膜炎奈瑟菌诊断

脑膜炎奈瑟菌是奈瑟菌属的主要致病菌种之一。一般通过呼吸道传播引起，常在冬末春初季节发病最为流行。人类是其唯一的宿主，可定植在人类的鼻咽部粘膜上。

该研究中，研究者从临床血液和脑脊液标本中鉴定脑膜炎奈瑟菌，利用杂交文库捕获并富集细菌DNA，然后进行下一代测序。

在测序合格的10个样本中，有8个样本鉴定到脑膜炎球菌DNA，并且与同个患者的分离培养物检测结果一致。

杂交捕获测序助力严重急性呼吸道感染诊断

研究入组2010-2015年不明原因的住院严重急性呼吸道感染（severacuterespiratoryinfeciton，SARI）患者，回顾性分析，以确定不明原因的SARI。

采用探针杂交捕获和高通量测序平台在鼻和口咽拭子样本中检测和表征呼吸道病毒。在2901例原因不明的SARI病例中，检测出301例（10.4%）在检测到的群集内，研究者识别出麻疹相关SARI的暴发。

靶向捕获测序在其他病原菌上的应用

2015年，有研究利用基于杂交捕获的靶向测序技术富集蜱虫体内的伯氏疏螺旋体基因组，数据有效率在70%以上（伯氏疏螺旋体（Borreliaburgdorferi）以蜱为主要传播媒介，感染人体后会引起以神经系统损伤为主的莱姆病）。

包括针对病毒基因的NGS靶向检测方法VirCapSeq-VERT技术，可在血清、血液和组织等复杂的样本背景下，检测207种已知脊椎动物病毒；以及BacCapSeq技术，可靶向检测细菌基因组，能够一次性检测307种细菌。

允英NGSPanelPM

杂交捕获方法助力病原菌诊断

允英医疗面向临床推出的病原体检测产品，针对血流感染、神经系统感染、呼吸道感染及消化道感染症候群，可检测2700余种微生物，包括细菌、真菌、病毒、寄生虫、支原体、衣原体、立克次氏体、螺旋体等，为没有典型临床症状，无法判断特定感染的疾病，提供新的检测手段。

NGS-PanelPM检测优势

1、独有的基因杂交捕获技术AllNGS?

2、通量高，同时检测多个样本

3、病原菌覆盖广泛，精确鉴别2700余种病原菌

4、可分感染部位以及病原菌种类进行检测

适用范围

针对长期发热待查；疑难感染；重症肺炎、腹泻、血流感染患者；

针对常规临床检测无法直接检测的病原微生物；

针对常规临床检测难以区分的病原微生物；

针对临床少见、无明显临床症状的病原微生物。

检测周期：5-7个自然日

样本类型：根据感染部位送检样本（组织、胸水、气管镜灌洗液、脑脊液、痰液、血液