优点
1、无辐射损伤。
2、多参数成像与高对比度：CT只有一个成像参数，即X线吸收系数。MRI至少有4个成像参数，即T1、T2、质子密度和流速。利用上述参数，软组织对比度明显高于CT。
3、分子生物学和组织学诊断的提高：MRI的T1和T2加权像图像可在一定程度上反映被检查部分的分子生物学和组织学特征，在影像诊断向分子生物学和组织学方向的发展上迈进了一大步。一般来说，T1加权像对正常解剖结构显示较好，T2加权像对病变的显示较为敏感。
4、无骨伪影：如后颅凹及椎管内等部位的图像质量和对病变的诊断显著优于CT。
5、任意方位断层直接成像：MRI可行横轴位、矢状位、冠状位或斜位断层，有利于病变显示和立体定向。
6、心脏、大血管形态和功能诊断的提高：利用门控技术和MRI的流空效应，可用于多种心血管疾病的诊断。如在常规SE-T1WI或FSE-T2WI上，心腔和血管腔由于流空效应表现为无信号，与周围组织形成很好的对比，腔内的病变如血栓、肿瘤等也能清楚显示。利用流入增强效应或流动相位效应，在不用对比剂的情况下MRA技术可清楚显示血管结构，PC法MRA还可检测血流的流速和流量。
缺点
1、扫描时间偏长，对某些器官和疾病的检查还有限度。
2、钙化显示不佳，在MR图像上的表现比较复杂，与其钙质含量、矿物质成份及结晶形态有关。完全的钙化在T1WI和T2WI上均表现为低信号；而不成熟的钙化，特别当钙化结晶表面不规则时，其周围可有很多结合水存在，因此在T1WI上可表现为高信号。
3、骨性结构显示相对较差，因骨质结构的H质子含量很低，在MR图像上骨质结构一般显示欠佳，但MRI对骨髓内病变特别是骨髓水肿、骨髓内肿瘤浸润等的显示优于CT。
4、伪影相对较多。
5、信号复杂，部分定性困难。
6、禁忌症及相对禁忌症多：在MRI检查时，病人要避免带铁器等磁性物品，如手表、金属项链、假牙、金属钮扣、金属避孕环等，以免影响磁场的均匀性，不利病灶显示。装有心脏起搏器者，严禁作MRI检查。