选择抗抑郁药物时要全面考虑患者症状特点、年龄、躯体状况、药物的耐受性、有无合并症，因人因药而异地个体化合理用药。
在临床实际中，在抗抑郁药选择上提供给处方者的方法就是要求临床医生系统考虑药物的五个特征：有效性、安全性耐受性、现实社会能力和经济价值。
选择抗抑郁药物时需考虑患者的症状表现。尽管基础研究显示，不同的神经递质对应的临床症状会有很大程度的重叠，但是些症状会与某个神经递质的相关性更大。
因此，临床应用某一抗抑郁药物就会针对性地对一些抑郁症状有效。
对于维持期的治疗，在选择用药时应考虑：抑郁发作的严重程度既往抑郁发作的频度，自杀的危险以及出现明显不良反应的危险性。
抗抑郁药物不能预防患者转向躁狂，甚至会增加转躁狂的风险。因此，可适当加用心境稳定剂治疗