沙门氏杆菌的潜伏期很短，也就是在食入后的12-48小时，会产生恶心、呕吐、腹部绞痛及腹泻，约有一半的病童会伴随发烧，通常体温在38-39度之间，上述症状约可持续3-5天，大概要一星期才会痊愈。其中腹泻是最主要的症状，其程度可由轻度至重度不等。轻度腹泻时，每天只有数次的软便，而严重腹泻时，则像霍乱一样，发生大量水泻，或像痢疾一样的血便。对于婴幼儿或年纪大于50岁以上的老年人，症状通常比较严重。另外，在婴幼儿中，如果还引起严重腹泻，将造成水分及电解质大量流失，易发生脱水或电解质不平衡，如果没有适当补充水分及电解质，会造成休克而致死亡。如因长期腹泻，不加处理，很容易转为慢性，这样小肠绒毛在长期破坏下，极易造成营养不良，因而会使婴幼儿的发育迟缓，尤其是脑部发育，在两岁以前是发育最快的时候，如果营养不足，常会影响智能的发展。
（3）肝菌肠炎诊断
当病童发生腹泻时，由临床症状很难区分为何种病菌所引起，因此常需配合粪便的检验。在粪便常规检查时，通常可以见到粪便内带有化脓细胞，中性白血球及粘液，有时也会有出血现象，其程度可由潜血反应至肉眼可观察到血便；要诊断沙门氏杆菌引起的胃肠炎，最可靠的方法就是粪便培养，有时也可使用血清中O或H型抗体的测定，作为辅助诊断。
（4）应急处理方法
处理婴幼儿腹泻，最重要是找出原因对症治疗，而中止急性腹泻转为慢性腹泻也是处理的原则。因此在急性期，营养。水分及电解质的补充最为重要，如果病情不严重，婴幼儿仍能口服时，则可喂食已经消化过的元素饮食或半元素饮食，来维持病重的营养，以期能修复受损的肠道绒毛。另外饮食要采取循序渐进的方式，饮食需由易消化分解的食品开始，量也要由少渐多，间隔渐次拉长，最后才恢复到原来的正常饮食及量。如果病情较为严重，病童无法进食，或是持续呕吐，加上病童活动力明显减低，尿量减少，体重急速下降，皮肤失去光泽，松弛，则必需立刻送医治疗，由静脉给予水分及电解质，另外还需加上高能量的营养物质。
当婴幼儿发生腹泻时，如果原因尚未查出以前，父母亲最好不要随便给病童止泻剂或抗生素；根据调查报告，止泻剂对细菌性胃肠炎的病程并无帮助，反而有害。另外止泻剂或抗生素使用在细菌性胃肠炎时，可以造成肠道蠕动变缓，增加细菌毒素的吸收，也可造成细菌抗药性的产生及正常肠道菌落的消失，引起其他病原体的滋生，造成另一次的腹泻或伪膜性肠炎；甚至引起长期性带菌现象。不但没有好处，反而引起许多副作用，因此不可不慎。在沙门氏杆菌引起的胃肠炎，除了病童是：①3个月以下的婴幼儿；②有免疫机能障碍；③有全身性侵犯，如败血症、伤寒；④严重营养不良，否则均不需给予抗生素。