肺炎的诊断程序包括：
1.确定肺炎诊断首先必须把肺炎与上呼吸道感染和下呼吸道感染区别开来。呼吸道感染虽然有咳嗽、咳痰和发热等症状，但上下呼吸道感染无肺实质浸润，胸部X线检查可鉴别。其次，必须把肺炎与其他类似肺炎的疾病区别开来。肺炎常需与下列疾病相鉴别：
（1）肺结核：肺结核多有全身中毒症状，如午后低热、盗汗、疲乏无力、体重减轻、失眠、心悸等。X线胸片见病变多在肺尖或锁骨上下，密度不均，消散缓慢，且可形成空洞或肺内播散。痰中可找到结核分枝杆菌。一般抗菌药物治疗无效。
（2）肺癌：多无急性感染中毒症状，有时痰中带血丝。血白细胞计数不高，若痰中发现癌细胞可以确诊。肺癌可伴发阻塞性肺炎，经抗生素治疗后炎症消退，肿瘤阴影渐趋明显，或可见肺门淋巴结肿大，有时出现肺不张。若经过抗生素治疗后肺部炎症不易消散，或暂时消散后于同一部位再出现肺炎，应密切随访，对其中有吸烟史及年龄较大的患者，更需加以注意，必要时进一步做CT、MRI、纤维支气管镜和痰脱落细胞等检查，以免贻误诊断。
（3）急性肺脓肿：早期临床表现与肺炎链球菌肺炎相似。但随着病程进展，咳出大量脓臭痰为肺脓肿的特征。X线检查显示脓腔及气液平，易与肺炎相鉴别。
（4）肺血栓栓塞症：肺血栓栓塞症多有静脉血栓的危险因素，如血栓性静脉炎、心肺疾病、创伤、手术和肿瘤等病史，可发生咯血、晕厥，呼吸困难较明显。颈静脉充盈，X线胸片显示区域性肺纹理减少，有时可见尖端指向肺门的楔形阴影，动脉血气分析常见低氧血症及低碳酸血症。D二聚体、CT肺动脉造影、肺动脉造影、放射性核素肺通气／灌注扫描和MRI等检查可帮助进行鉴别。
（5）非感染性肺部浸润：还需排除非感染性肺部疾病，如肺间质纤维化、肺水肿、肺不张、肺嗜酸性粒细胞浸润症和肺血管炎等。
2.评估严重程度如果肺炎的诊断成立，评价病情的严重程度对于决定在门诊或入院治疗甚或ICU治疗至关重要。肺炎严重性取决于三个主要因素：局部炎症程度、肺部炎症的播散和全身炎症反应程度。除此之外，患者如有下列危险因素会增加肺炎的严重程度和死亡危险：
（1）病史：年龄超过65岁；存在基础疾病或相关因素，如慢性阻塞性肺病、糖尿病、慢性心、肾功能不全、慢性肝病、一年内住过院、疑有误吸、神志异常、脾切除术后状态不良、长期嗜酒或营养不良。
（2）体征呼吸频率>30次／分；脉搏≥120次／分；血压<90／60mmHg；体温≥40℃或≤35℃；意识障碍；存在肺外感染病灶如脑膜炎，甚至败血症（感染中毒症）。
（3）实验室和影像学检查异常：血白细胞计数>20×109／L或<4×109／L，或中性粒细胞计数<1×109／L；呼吸空气时动脉血氧分压（PaO2）<60mmHg，PaQ／Fi（=）2<3.0，或动脉血二氧化碳分压PaCO2>50mmHg；血肌酐>106μmol／L或血尿素氮>7.1mmol／L；血红蛋白<90g／L或血细胞比容<0.30；血浆白蛋白<25g／L：感染中毒症或弥散性血管内凝血的证据，如血培养阳性、代谢性酸中毒、凝血酶原时间和部分激活的凝血活酶时间延长、血小板减少；X线胸片显示病变累及一个肺叶以上、出现空洞、病灶迅速扩散或出现胸腔积液。
重症肺炎目前还没有普遍认同的标准，重症肺炎患者需要呼吸支持（急性呼吸衰竭、气体交换恶化伴高碳酸血症或持续低氧血症）、循环支持（血流动力学障碍、外周低灌注），而且需要加强监护和治疗（肺炎引起的感染中毒症或基础疾病所致的其他器官功能障碍）。目前许多国家制定了重症肺炎的诊断标准。虽然有所不同，但均注重肺部病变的范围、器官灌注和氧合状态。我国制定的重症肺炎标准有：①意识障碍；②呼吸频率>30次／分；③PaO2<60mmHg、PaO2／FiO2<300。需行机械通气治疗；④血压<90／60mmHg；⑤胸片显示双侧或多肺叶受累，或入院48小时内病变扩大≥50％；⑥少尿：尿量<20mL／h，或<80mL／4h。或急性肾衰竭需要透析治疗。
3.确定病原体由于人类上呼吸道黏膜表面及其分泌物含有许多微生物，即所谓的正常菌群，因此，途经口咽部的下呼吸道分泌物或痰极易受到污染，影响致病菌的分离和判断。用抗生素后可影响细菌培养结果。因此，在采集呼吸道培养标本时尽可能在抗生素应用前采集，避免污染，并及时送检，其结果才能起到指导治疗的作用。