便秘常引起人们情绪的改变，心烦意乱，注意力涣散，影响日常生活与工作，并与下述很多疾病的发生发展有关。
便秘常可导致肛结直肠并发症。长期的便秘可使肠道细菌发酵而产生的致癌物质刺激肠黏膜上皮细胞，导致异形增生，易诱发癌变。便秘引起肛周疾病如直肠炎、肛裂、痔等，因便秘，排便困难、粪便干燥，可直接引起或加重肛门直肠疾患。较硬的粪块阻塞肠腔使肠腔狭窄及压迫盆腔周围结构，阻碍了结肠蠕动，使直肠或结肠受压而造成血液循环障碍，还可形成粪性溃疡，严重者可引起肠穿孔。也可发生结肠憩室、肠梗阻、胃肠神经功能紊乱(如食欲不振、腹部胀满、嗳气、口苦、肛门排气多等。)
便秘也可诱发肠道外的并发症 ，如脑卒中、影响大脑功能 （记忆力下降 ，注意力分散 ，思维迟钝）、性生活障碍等。在肝性脑病、乳腺疾病、阿尔茨海默病等疾病的发生中也有重要的作用。临床上关于因便秘而用力增加腹压，屏气使劲排便造成的心血管疾病发作有逐年增多趋势，如诱发心绞痛，心肌梗死发作。