(一)治疗
1.一般治疗 急性期应卧床休息，给予流质或半流质饮食，肠道隔离至症状消失，或大便连续3次找不到滋养体及包囊。暴发型给予输液、输血等支持疗法。慢性型应加强营养，增强体质。
2.病原治疗
(1)硝基咪唑类：甲硝唑(metronidazole)对阿米巴滋养体有较强的杀灭作用，是目前治疗肠内、外各型阿米巴病的首选药物。本品口服后在小肠内吸收，1h血浆浓度达高峰，半衰期为6～7h。一般治疗剂量为400～800mg/次，3次/d口服，连用5～10天;儿童50mg/(kg·d)，分3次服，连用7天。静脉用药以15mg/kg体重，即刻应用，以后7.5mg/kg体重，隔6～8h重复之。副作用轻，以胃肠道反应为主，但在动物实验中发现有潜在致畸性，因而在妊娠3个月以内和哺乳妇女忌用。本品口服吸收良好，结肠浓度偏低，单纯用于杀虫者效果不够理想。替硝唑(tinidazole)，本品吸收快，血浓度较甲硝唑高1倍，半衰期较长(10～12h)，副作用小，疗效更好。剂量为2g/d，儿童30～40mg/(kg·d)，清晨1次口服，连服5天。同类药物尚有奥硝唑(ornidazole)及另丁硝唑(secnidazole)，半衰期更长，对各型阿米巴病亦有良好疗效。
(2)依米丁类：依米丁(emetine)对阿米巴滋养体有直接杀灭作用。对组织内滋养体有极高的疗效，但对肠腔阿米巴效果不显著。由于该药毒性较大，治疗量与中毒量较接近，且有蓄积作用，能产生心肌损害，已被其衍生物去氢依米丁(dehydroemetine)所取代，剂量按1mg/(kg·d)计算(成人不超过60mg/a)，分2次作深部皮下注射，连用6天。
(3)双碘喹啉(diiodohydroxyquinoline)：本品主要作用于肠腔内阿米巴。口服后吸收<10%，肠腔内浓度高。作用机制为螯合亚铁离子，阻断原虫代谢率达60%～70%。本品毒性低，偶有头痛、恶心、皮疹及肛门瘙痒等。成人剂量为0.6g/次，3次/d，儿童30～40mg/(kg·d)，15～20天为一个疗程。
(4)二氯尼特(diloxanide furoate)：本品是目前最有效的杀包囊药物，可能与阻断蛋白质合成有关。对轻型及带包囊者的疗效为80%～90%，毒性低，仅见腹胀、恶心等轻度副作用。成人剂量为500mg/次，3次/d，连服10天为一疗程。本品不宜用于孕妇患者，因其可能有致畸性。
(5)硝唑尼特(硝噻醋柳胺)：本品是一种有效抗肠道原虫药物。据Rossignol等报道对溶组织内阿米巴、贾第鞭毛虫所致的腹泻，500mg/次，2次/d口服，连续3天，经随机、双盲对照观察，效果明显，于治疗后7天内即停止腹泻，副作用较轻。
(6)抗菌药物：主要通过抑制肠道共生细菌而影响阿米巴的生长繁殖，尤其对阿米巴痢疾伴发细菌感染时效果尤佳。如四环素类、氨基糖苷类(如巴龙霉素)及氟喹诺酮类等抗菌药物。为取得最佳疗效，上述药物多采用联合用药，常用的治疗方案如下：①普通型一般采用甲硝唑，其治愈率可达90%，如加用抗菌药物可提高疗效。若有包囊排出，可加用二氯尼特或双碘喹啉。②暴发型可采用甲硝唑静脉内给予，同时与抗菌药物联合，并对症治疗。③慢性型可根据病情轻重，适当选用甲硝唑或双碘喹啉，亦可选用二氯尼特治疗。④无症状型可选用二氯尼特或双碘喹啉。
3.合并症治疗 在积极有效的抗阿米巴药物治疗下，一切肠道合并症均可获得缓解。暴发型患者常有合并细菌感染，应加用有效抗生素。大量肠出血者可输血。肠穿孔伴腹膜炎者应在甲硝唑和广谱抗生素控制下进行手术治疗。
(二)预后
本病预后一般良好。有肠道加杂症和治疗不彻底者都易复发。暴发型患者预后较差，有严重肠出血、肠穿孔、弥漫性腹膜炎等合并症者预后不良。