在靶点发现过程中,PandaOmics 的自然语言处理(NLP)模型通过以下方式评估潜在靶点的新颖性以及与疾病的关联性:
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数据收集与整合:NLP 模型首先会收集涵盖专利、出版物、研发基金、临床试验等来源的数百万个文本文件1。这些文本数据包含了丰富的生物学、医学知识以及药物研发相关的信息,为后续的分析提供了坚实的基础。
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文本挖掘与信息提取:运用自然语言处理技术对文本进行挖掘,提取出与潜在靶点、疾病相关的关键信息,例如基因名称、疾病术语、分子机制描述、研究结论等。通过对大量文本的分析,识别出其中提到的各种靶点以及它们与不同疾病的关系,同时也会关注文本中对靶点新颖性的描述或暗示。
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新颖性评估:
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与已有知识对比:将提取到的潜在靶点信息与现有的生物学知识图谱、已有的靶点数据库等进行对比。如果某个潜在靶点在以往的研究中很少被提及,或者其作用机制与已知靶点有明显差异,那么它在新颖性方面就可能得分较高。
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分析专利和研发基金:关注专利中是否有关于该靶点的独特声明,以及研发基金所支持的研究方向是否涉及到该靶点的创新性研究。如果一个靶点是新专利的核心内容,或者是近期研发基金重点支持的新颖研究方向,那么它具有较高新颖性的可能性较大。
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疾病关联性评估:
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语义分析:通过语义理解技术,分析文本中描述的潜在靶点与疾病之间的语义关系。例如,查看是否明确提及靶点与疾病的因果关系、相关性,或者靶点在疾病发生发展过程中的作用机制等内容。如果文本中详细阐述了靶点如何参与疾病的病理生理过程,那么可以认为该靶点与疾病的关联性较强。
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共现分析:统计潜在靶点与疾病在文本中共同出现的频率和上下文信息。如果一个靶点与某种疾病在多篇文献、临床试验报告等文本中频繁共现,并且在不同的研究中都显示出一定的关联趋势,那么说明该靶点与疾病之间存在较强的关联性。
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知识图谱构建与推理:利用提取到的信息构建生物学知识图谱,将潜在靶点、疾病、相关分子通路等信息整合到一个网络中。通过知识图谱的推理算法,分析靶点与疾病之间的间接联系,例如是否通过某些中间分子或通路相互关联。这种方式可以挖掘出一些隐藏在海量文本中的潜在关联信息,进一步评估靶点与疾病的关联性。
通过以上综合的分析方法,PandaOmics 的 NLP 模型能够对潜在靶点的新颖性以及与疾病的关联性进行全面、系统的评估,为药物研发提供有价值的靶点信息,帮助研究人员确定最具潜力的靶点进行后续的药物开发工作