甲状腺是人体内最大的内分泌腺，分泌的甲状腺素，参与调节机体组织细胞的新陈代谢、组织分化、生长发育及生殖内分泌。生殖内分泌功能也会影响甲状腺的功能。
先说一下甲状腺对性腺调节轴功能的影响。甲状腺素参与体内各种器官、组织细胞的生长发育、代谢，当然也包括下丘脑-垂体-卵巢及子宫;包括促进蛋白质代谢、合成各种性激素，使其转换代谢;也包括是受体合成的主要参与者，从而影响性腺调节轴的功能及靶器官的反应性。
性腺对甲状腺功能也有影响，其中雌激素可增加下丘脑的促甲状腺激素释放激素的合成及释放。同时，因增加了垂体中受体的含量而提高垂体对促甲状腺激素释放激素的敏感性。
当甲状腺肝功能亢进时，病人也会有月经的改变。一旦发展为中、重度甲亢时，下丘脑垂体的促甲状腺释放激素、促性腺激素释放激素的分泌功能均受抑制，可导致无排卵或闭经。据报道，约有15.5%的甲状腺功能亢进病人有闭经。
而在甲状腺功能低下时，体内甲状腺激素分泌不足，甚至缺失，可出现一系列症状。假如在幼年发病，称之为呆小病。几乎所有的女性呆小病病人均有原发性闭经。若在青春期前发病，则表现为原发性闭经及性幼稚。在成年女性，可以因淋巴细胞性甲状腺炎或手术切除甲状腺过多、服药过量等造成甲状腺功能低下，也可引起继发性闭经。